Durante la Guerra Civil el Museo, por aquel entonces situado en el antiguo convento del Carmen Calzado, fue desmontado y usado como almacén del Tesoro Artístico, y se trasladaron parte de sus fondos a Madrid y fueron depositados en el Museo del Prado.Proyectado por Juan Pérez Castiel en 1683, su ejecución se demoró hasta bien entrado el siglo XVIII.En el interior puede admirarse la rehabilitación del Patio del Embajador Vich, cuyas piezas de mármol de Génova habían sido custodiadas por la Academia de San Carlos, tras el derribo del palacio que lo albergaba en 1859, y fue reconstruido en este lugar en 2006.El templo se adosa a este rectángulo con su planta octogonal y su gran cúpula de teja vidriada azul, reconstruida después de haber sido derribada en 1925.Es de destacar también su fachada, obra de José Mínguez con dos pisos, pilastras en resalte y un frontón curvilíneo que la remata, todo lo cual se sitúa en el paso del barroco al neoclasicismo.Del trecento destaca la Coronación de María y los santos Pedro y Pablo, pequeña tabla de procedencia italiana del primer cuarto del siglo XIV adjudicada al pintor de San Pietro di San Simone.La técnica empleada es al temple casi en exclusiva, procedimiento que estará vigente hasta bien entrado el siglo XV.Entre los autores foráneos, merece mención especial el italiano Gherardo Starnina, con un retablo completo fechable hacia 1400.También existen ejemplos representativos de la escuela flamenca, que fue introduciendo la técnica al óleo, que permite un colorido más denso y un manejo más dúctil.Destacan pintores activos en Valencia como Vicente Macip o pintores flamencos como Quentin Massys, así como representantes del último Quattrocento italiano como Antoniazzo Romano, Pinturicchio o Paolo de San Leocadio.Asimismo, del manierismo tardío hay obras de Eugenio Cajés, Vicente Carducho y de su discípulo Francisco Fernández, ya entrados en el siglo XVII.Ya activos en Valencia, destacan Pedro de Orrente, Jerónimo Jacinto Espinosa o Francisco Ribalta, su colaborador Vicente Castelló o Vicente Salvador Gómez, y su discípulo Gregorio Bausá, junto con los hermanos March, Esteban March y Miguel March.Asimismo, quedan representados los pintores genoveses Gian Battista Langheti y Orazio De Ferrari, así como el romano Ciro Ferri.Del neoclasicismo, destacan las figuras de Mariano Salvador Maella, José Camarón Boronat, José Vergara Gimeno o Francisco Bayeu, así como Domenico Corvi.Aparte de consultas puntuales, tan solo se exhiben en exposiciones temporales.La donación del historiador Pere Maria Orts i Bosch, realizada en 2004, está formada por más de 300 piezas entre pinturas, tapices, esculturas, muebles y piezas de cerámica.En cuanto a las obras pictóricas, estas van desde el siglo XIV hasta mediados del XX, contando con autores de la talla de Juan de Juanes, Ribalta, Luca Giordano, Bartolomé Esteban Murillo, Vicente López, Antonio Muñoz Degraín, Cecilio Pla, Ignacio Zuloaga y Joaquín Sorolla.La donación fue realizada en 2021 por María Teresa y Juan José Ferrer, nietos del esculpido.La donación ha sido realizada en 2022 por el catedrático Ángel López García-Molins.
Patio renacentista del antiguo palacio del Embajador Vich.