El rey concibió un gran complejo multifuncional, monacal y palaciego que, plasmado por Juan Bautista de Toledo según el paradigma de la Traza Universal, dio origen al estilo herreriano.
Su arquitectura marcó el paso del plateresco renacentista al clasicismo desornamentado.
Su compleja iconografía e iconología ha merecido las más variadas interpretaciones de historiadores, admiradores y críticos.
Las «consideraciones» que cita el rey fueron el agradecimiento a Dios por los beneficios obtenidos, por mantener sus Reinos dentro de la fe cristiana en paz y justicia, para dar culto a Dios, para enterrarse en «una cripta» el propio rey, sus mujeres, hermanos, padres, tías y sucesores, y donde se dieran continuas oraciones por sus almas: En resumen, el rey buscó darle a Dios una casa donde alabarle y agradecerle su intervención en San Quintín, intercediendo de paso por sus familiares.
Fue el modelo arquitectónico usado como idea del proyecto, dado que señalaba al Templo como Domus Dei, la Casa de Dios.
El rey nunca hubiera consentido frivolidades o insinuaciones sobre la tumba de su padre sin una base real.
Muchos autores, siguiendo un famoso artículo de René Taylor, han buscado connotaciones ocultistas y mágicas en la comparación con el edificio bíblico, lo que parece difícil dado la inflexible religiosidad de Felipe II.
Los valores del proyecto son el orden, la jerarquización y la perfecta relación entre todas las partes de la composición, integrando monarquía, religión, ciencia y cultura en el eje principal: la Portada Principal con la estatua de San Lorenzo, la Biblioteca, los Reyes de Judá, la Basílica y el Palacio privado del rey.
Felipe II y sus arquitectos, de acuerdo con su gran cultura humanista aprendida en sus viajes por Italia, Alemania y los Países Bajos, contrapusieron el retorno al clasicismo romano al desbordante plateresco de la época.
[9] Las principales secciones en que se puede dividir el Real sitio son: Felipe II cedió a la Biblioteca del Monasterio los ricos códices que poseía y para cuyo enriquecimiento encargó la adquisición de las bibliotecas y obras más ejemplares tanto de España como del extranjero.
Arias Montano elaboró su primer catálogo y seleccionó algunas de las obras más importantes para la misma.
Los frescos de las bóvedas fueron pintados por Pellegrino Tibaldi, según el programa iconológico del Padre Sigüenza.
Merecen especial mención las impresionantes puertas de marquetería, regalo del emperador Maximiliano II.
Se expone también la supuesta silla-litera en la que Felipe II realizó su último viaje al Monasterio aquejado por la gota.
El dormitorio real, situado junto al altar mayor de la Basílica, cuenta con una ventana que permitía al rey seguir la misa desde la cama cuando estaba imposibilitado a causa de la gota que padecía.
Los interiores fueron además aderezados con suntuosos tapices diseñados por Bayeu o Goya y un rico mobiliario.
Estos relicarios adoptan las más variadas formas: cabezas, brazos, estuches piramidales, arquetas etc.
En la actualidad permanecen cerrados exponiéndose únicamente el día de Todos los Santos.
Fue ocupado originalmente por monjes jerónimos en 1567, aunque desde 1885 está habitado por los padres Agustinos, de clausura, por lo que no es visitable por el público.
Sus dos pisos están comunicados por la espectacular escalera principal, con las bóvedas decoradas por frescos de Luca Giordano.
El ambicioso programa pictórico de sus soportales fue iniciado por Luca Cambiaso y continuado por Pellegrino Tibaldi.
Se suele atribuir a Bergamasco, aunque su proyecto fue modificado y desarrollado por Juan de Herrera.
En ella se exhibe una excelente colección pictórica, entre las que destacan obras de Luca Giordano (Noé embriagado y sus hijos; La Oración del Huerto; El falso profeta Balaán; El santo Job; La heroína Jael y Sísara), Tiziano (Cristo crucificado), José de Ribera (San Pedro en la prisión), Michel Coxcie (La Virgen, el Niño Jesús y Santa Ana que le ofrece una fruta) o Herrera Barnuevo (San Juan Bautista).
En el testero menor de la Sala Capitular derecha se muestra un curioso Altar portátil del Emperador, que se supone que llevaba el Emperador Carlos V en sus campañas, realizado a base de bronce y plata con esmaltes.
Aunque las dos casas están separadas físicamente entre ellas, constituyen una edificación concebida de forma unitaria, y fueron concebidas a la vez que el Monasterio, dentro de la misma Traza Universal, y así aparecen en todos los planos.
En los dos pisos del frente posterior Villanueva se permitió expresar la falta de referencias al Monasterio.
La Compaña surgió para alojar diversos servicios del Monasterio, algunos de los cuales iban a estar situados en el cuadrante noroeste del gran edificio; pero la decisión en 1565 de crear el Colegio y emplazarlo en esa área obligó a buscarles otro lugar.
[15] El Real Colegio Universitario María Cristina fue fundado en la Compaña por la reina regente María Cristina en 1892, y ha estado gobernado desde el principio por los agustinos, siendo en la actualidad un centro docente privado de educación superior, adscrito a la Universidad Complutense de Madrid.
Mandados construir por Felipe II al sur del Monasterio, que era un amante de la naturaleza, constituyen un lugar ideal para el reposo y la meditación.
También era un auténtico jardín botánico, con hasta 68 variedades diferentes de flores, muchas medicinales, y unas 400 plantas que se trajeron del Nuevo Mundo.