Con Catalina de Castro tuvo tres hijos, Gonzalo y Julián, también pintores, y Catalina, que casó con Mateo Calvete, procurador.
A su muerte (1562), continuó con el taller Gonzalo, nacido en 1531 y desde 1552 asociado artísticamente con su padre en obras como el retablo de los Santos Mateo y Lorenzo de la catedral de Cuenca.
De este momento y pintada también para la catedral ha de ser la Presentación del Niño Jesús en el templo (Museo Diocesano), la obra más célebre y de mayor nivel del pintor, a la vez que la más cercana a Yáñez de la Almedina, a quien en ocasiones se ha atribuido.
[4] Al margen de estas obras para la catedral, y junto a otros trabajos menores, en 1550 contrató un retablo de San Juan Evangelista para el convento de Santo Domingo, a costa de la capellanía fundada por Francisco Hernández, fallecido en las Indias, del que se conserva la tabla central en el Palacio Episcopal.
La pintura original, sobre pizarra, fue pintada para Francisco de los Cobos con destino a su Sacra Capilla del Salvador de Úbeda y no se completó antes de 1539, por lo que hay que descartar totalmente la posibilidad de que la copia fuese ejecutada por Yáñez, como alguna vez se ha supuesto a la vista de la figura de San Juan Evangelista, situada tras la Virgen y mal encajada en la composición, que no aparece en el cuadro original de Piombo y recuerda al contrario imágenes semejantes del pintor de la Almedina.