El litigio se resolvió definitivamente el 10 de mayo de 1889 aunque luego tendría ligeros cambios que definirían los límites exactos que hay hoy en día.
Lo que os participó para que tengan entendido quedar sugeto dicho partido á la jurisdicción de la Intendencia de Salta, que hasta ahora ha pertenecido á la nuestra, haciendo por este medio más útiles los derechos de aquel Intendente, por su inmediación al Chaco y sus Reducciones.
En consecuencia le facilitareis y remitiréis como muy particularmente os lo mando, los autos, documentos y papeles que existen en nuestro archivo respectivos al citado partido de Tarija así en lo gubernativo, como en lo contencioso, sin permitir se pongan embarazos, ó reparos que dificulten, ó dilaten la remisión de todos los que sean necesarios para su gobierno, contribuyendo vos por vuestra parte á que tenga el más cumplido efecto esta mi real resolución, por ser así mi voluntad.
La correspondiente bula pontificia para la modificación de los límites de las diócesis, no pudo expedirse debido a que el papa Pío VII se hallaba prisionero de Napoleón Bonaparte, debido a esto Tarija al no tener una organización para un obispado, hizo caso a la sección del ámbito religioso, y se integró al obispado de Salta.
Por esa razón, ese territorio no fue reclamado por la delegación argentina.
Las campañas militares llevadas a cabo tanto por los revolucionarios de las provincias "de abajo" cuanto por las expediciones lanzadas por los españoles desde el Perú no consiguieron los resultados esperados.
Gregorio Aráoz de La Madrid y las fuerzas gauchas locales que estaban comandadas por, el Cnel.
Previamente el general revolucionario Manuel Belgrano, quien tenía entre sus subordinados a los capitanes de la armada tarijeña, había donado una importante cantidad de dinero que había recibido como premio a sus victorias militares, para que se construyeran escuelas públicas en las ciudades de Tarija, Tucumán, Jujuy y Santiago del Estero.
El mariscal Antonio José de Sucre aprovechó el comunicado y envió al coronel Francis Burdett O'Connor Bowen, quien se hallaba en Tupiza al frente de la Legión Peruana.
Realizó estas acciones siguiendo las órdenes recibidas de Sucre, ya que Potosí reclamaba jurisdicción sobre el territorio:
E. decretó la reunión de diputados del Alto Perú y designó los departamentos que debían nombrarlos, omitió á Tarija como perteneciente á una provincia que no entra en el número de las del Alto Perú, para aquel designio.
La delegación entrevistó a Bolívar el 27 de octubre, este expuso las objeciones militares y políticas que Antonio José de Sucre le había relatado para conservar Tarija y Alvear expuso las dificultades en que caerían los nuevos estados si no se respetaban los límites previos a 1810.
Ese día el Cabildo de la villa pidió al Congreso Argentino su constitución como provincia autónoma separada de Salta, sería Díaz Vélez quien tomaría liderará los gritos autónomos sobre Tarija.
Ese año la Legislatura de Salta incorporó a los diputados tarijeños Diego Antonio Arce, Justiniano Muñoz, Vicente Echazú, M. Bárcena, M. Echazú, J. P. Heredia y Baca, J. de D. Aparicio y N. Flores.
Indiferente Méndez con el gobierno argentino y el conflicto que llevaba Bolivia a Tarija, pidió la baja del ejército y se retiró al campo, pero al enterarse Mariano Gordaliza que Burdett O'Connor con la Legión Peruana de tropas colombianas se hallaba en Chichas, Gordaliza supuso que Méndez tenía algo que ver en los planes de O'Connor, ordenó el 25 de agosto de 1826 el arresto de Méndez por temor a que este aprovechara para tomar la ciudad y se dispuso a remitirlo a Salta al día siguiente.
Enterados los montoneros, algunos de estos fieles a Méndez, se dirigieron a la prisión de su jefe, ocuparon la ciudad y reclamaron los actos de Gordaliza, Burdett O'Connor con las tropas colombianas y con la ayuda de Bernardo Trigo, aprovecharon esto y dieron un golpe de Estado destituyendo a todas las autoridades tarijeñas, se arrestó y se castigó a los tarijeños que se opongan el 26 de agosto, también se convocó a un cabildo donde se declaró la incorporación a Bolivia y se nombró nuevamente a Bernardo Trigo como presunto "prefecto" (emulando el cargo de una autoridad boliviana).
Ilegalmente Tarija quedó separada de Salta también en los aspectos eclesiásticos.
Artículo 1°: La representación nacional desconoce y niega su ratificación á las negociaciones por que haya sido desmembrada la Provincia de Tanja del territorio del Alto Perú, hoy República Boliviana.
Una última reunión que tuvo lugar el 17 de octubre de 1826, en la que Bernardo Trigo con las tropas colombianas ordenó traer a las autoridades tarijeñas quienes fueron castigadas y obligadas a firmar la carta para Chuquisaca, en el que se declaró:
El gobierno boliviano comunicó oficialmente al de Salta que:
La Guerra del Brasil que libraban las Provincias Unidas contra el Imperio del Brasil facilitó la continuidad de la anexión de Tarija a Bolivia.
Lo que de orden del mismo Congreso, se comunica á V.
[20] En 1827 el gobernador de Buenos Aires, Manuel Dorrego, envió a Francisco Ignacio Bustos como su representante en Bolivia para intentar canjear Tarija por la Puna de Atacama, pero el gobierno boliviano no accedió.
El general argentino Alejandro Heredia pasó a ser el comandante del Ejército del Norte, siendo sus principales subalternos los generales Gregorio Paz y Manuel Virtu quienes con escasas y bisoñas tropas de reclutas lograron recuperar Jujuy y el norte de Salta.
Cuatro motivos explican tal limitación de las fuerzas por la parte argentina: en primer lugar se mantenía la guerra civil entre unitarios y federales, en segundo lugar las fuerzas bonaerenses, santafesinas, entrerrianas y correntinas se veían obligadas a enfrentar a las fuerzas coloradas de Fructuoso Rivera apoyadas por Brasil, en tercer lugar existía un Bloqueo naval francés que ponía en directo peligro a las provincias de Buenos Aires, Santa Fe y Entre Ríos y en cuarto lugar Rosas sospechó de un fortalecimiento del caudillo tucumano Alejandro Heredia, lo cual fue motivo para desinteligencias en el Estado Mayor.
El esfuerzo bélico argentino se centraba en evitar un ataque francés y brasileño, de hecho el ataque promovido desde el exterior sobre la Confederación Argentina se tradujo en 1840 en una incursión desde Montevideo de tropas unitarias al mando del general Juan Galo Lavalle, tal incursión promovió la existencia de una efímera Coalición del Norte en la Argentina, Coalición apoyada por Bolivia y aplastada por el oriental Manuel Oribe, quien persiguiendo a los restos del ejército unitario llegó hasta La Quiaca, desde allí se propuso ingresar en Lípez y Tarija contando con cierto apoyo de la población (noviembre de 1841) sin embargo Rosas presionado por Francia e Inglaterra se negó a proseguir expresando que la reincorporación debía ser fruto de negociaciones y no de la guerra, pese a que el general Velasco, nuevo presidente de Bolivia, estaba dispuesto a negociar la situación de Tarija.
Sin embargo, tal tratado no fue ratificado por Bolivia, ya que el Congreso Nacional Argentino reunido en la ciudad Paraná, a la sazón capital de la Confederación Argentina, al aprobarlo mediante la Ley 210 del 13 de julio de 1859, hizo reserva del artículo 33.
En 1883 el coronel Rudecindo Ibazeta comandó una expedición argentina que ingresó al chaco tarijeño en busca de los restos del explorador francés Jules Crevaux llegando hasta la localidad de Caiza (próxima a Villa Montes).
Bolivia, en compensación, cedió un territorio que había perdido militarmente: la Puna de Atacama, territorio que se encontraba en poder de Chile tras la guerra del Pacífico.
La Argentina fue compensada con acceso al río Santa Victoria, en el noroeste de Salta.