Al año siguiente se desempeñó como jefe de fronteras en Santiago del Estero.
En 1824 fue elegido representante en el Congreso Nacional Constituyente por su provincia (y luego por la de Salta) y tuvo activa participación en los debates; defendió la postura federal, pero no pudo impedir la llegada de Bernardino Rivadavia a la presidencia.
De todos modos fue diputado provincial desde febrero del año siguiente.
Cuando en noviembre de 1831, el jefe unitario Lamadrid fue derrotado en la batalla de La Ciudadela, la legislatura salteña envió una embajada al general vencedor, Facundo Quiroga, formada por Francisco de Gurruchaga y el general Heredia, con la cual se firmó un tratado por el que se declaraba desaparecida la Liga del Interior.
Promovió el ejercicio de la medicina, exigiendo prestaciones gratuitas a los pobres.
[4] Todas estas medidas le ganaron prestigio en el noroeste argentino donde llegó a ser proclamado «Patriarca Federal del Norte», pero incrementaron los recelos de Rosas y los federales conservadores.
Heredia se hizo conceder las “facultades extraordinarias” para aplastar las rebeliones, pero las usó para lanzarse a la guerra contra Salta.
Mientras Latorre intentaba detener la invasión que le llevó Heredia, el ejército jujeño lo derrotó en la batalla de Castañares y lo tomó prisionero.
Heredia los venció en Monte Grande, cerca de Famaillá y los tomó prisioneros; al día siguiente escribía a su ministro
El coronel Roca fue indultado a pedido de la hija de su ministro, que se casaría con él y serían los padres del futuro presidente Julio Argentino Roca.
Derrocó al gobernador de Jujuy, que había apoyado a los López y lo hizo reemplazar por el coronel Pablo Alemán, un uruguayo cuyo único mérito, según su detractores, era ser amigo de Heredia.
[cita requerida] Y también reemplazó al gobernador de Salta, por su propio hermano Felipe Heredia.
Pero no pudieron recuperar Tarija, al tener que enfrentar tropas mucho más numerosas, descansadas y mejor dirigidas por expertos oficiales mercenarios como el general alemán Otto Philip Braun.
Se lograron algunas victorias en posición defensiva, especialmente en Humahuaca, pero los avances fueron casi nulos.
Ante tantos obstáculos las tropas al mando de Heredia optaron por un rodeo de las zonas en donde era fuerte el enemigo, es decir un avance por el entonces casi desconocido Chaco hasta ingresar a Tarija, pero la bastante pequeña hueste argentina se encontró diezmada por las plagas que entonces presentaba la región chaqueña –paludismo, tripanosomiasis, amebiasis– y un calor tórrido extenuante.
En la práctica, terminó en un empate, que sería resuelto más tarde por el ejército chileno en Yungay.
[9] Como varios líderes unitarios conspiraron contra el ejército, Heredia los arrestó; pero en lugar de ejecutarlos, los desterró hacia Bolivia, con un decreto que explicaba que Protegida por el caudillo santiagueño Ibarra, la provincia de Catamarca se separó del protectorado, recuperando los departamentos del oeste.