Más tarde sirvió en la guerra contra los federales de Córdoba y Santa Fe.Fue ascendido a general y por varios meses fue gobernador delegado, hasta que fue derrocado por Miguel Puch.Como respuesta, Latorre apoyó una invasión de los parientes del general Javier López a Tucumán, pero ésta también fracasó.[4] Ambas intentonas causaron el enfrentamiento entre Latorre y el gobernador tucumano Alejandro Heredia.[5] Alemán permaneció en Salta como adversario del nuevo gobernador José Antonio Fernández Cornejo, que pronto se reveló como un unitario convencido.Alemán dirigió una revolución que colocó en el gobierno a Felipe Heredia, hermano del caudillo tucumano.A principios de 1836, el general unitario Javier López invadió Tucumán desde Bolivia, donde había estado refugiado, con la connivencia del gobierno jujeño.No se puede decir mucho sobre su gobierno, ya que la falta de fondos le impidió logros importantes.Un grupo de oficiales lo depuso en ausencia y el nuevo gobernador, Mariano Iturbe, lo arrestó.Pudo fugarse, intentó reunir gente, y finalmente debió huir a Bolivia.
