A partir del 2003, las dos últimas orientaciones pasan a ser Escuelas Académicas Profesionales (EAP), por lo que en la actualidad, dicha facultad tiene tres escuelas profesionales, tras la inclusión de las escuelas de Microbiología y Parasitología, y Genética y Biotecnología; quedando la EAP de Ciencias Biológicas con las tres orientaciones restantes.
Con la reapertura del Convictorio de San Carlos en 1826, se implementó por primera vez la práctica forense.
Una segunda reforma de tipo académico administrativa fue dirigida por Bartolomé Herrera desde 1842.
Su primer decano fue Antonio Raimondi, quien asumió dicho cargo por un periodo de un año antes de iniciar su expedición por el territorio nacional; lo sucedió en el cargo Sebastián Barranca, científico naturalista.
[9] Cabe resaltar que durante las últimas décadas del siglo XIX, la cátedra de botánica fue ejercida por doctores como Miguel Felipe Colunga y José María Romero.
[2] Hacia el año 1897 se inició la publicación de la Revista de Ciencias,[10] la cual incluyó investigaciones nacionales e internacionales sobre flora, plantas medicinales, fósiles, biología andina, aves, insectos, recursos tales como el guano, etc.
Sin embargo, no se pudieron consolidar líneas propias de investigación institucionales y tras sesenta y nueve años de vigencia, perdió continuidad en las publicaciones hacia 1966.
[11] Sus colecciones se vieron enriquecidas con el material recolectado por Rospigliosi tras las expediciones científicas realizadas al interior del país y el material recolectado por Antonio Raimondi: comprendía objetos de etnología, plantas secas, moluscos, aves, mamíferos, reptiles, insectos, conchas, entre otros; cedidos en un principio a la Escuela de Medicina de San Marcos.
De esta manera, dicho instituto fue la primera institución dedicada a la formación de biólogos en el Perú, a la vez que instauró los procedimientos para la obtención del bachillerato y título profesional.
[5] Cabe resaltar, sin embargo, que la enseñanza de la biología en el Perú se dio también en las llamadas universidades menores: en la Universidad Nacional San Antonio Abad del Cusco se inició en el año 1991 mientras que la enseñanza de la botánica se fortaleció tras la creación del Museo de Plantas en 1925 y la posterior creación del Museo de Historia Natural del Cusco en 1950.
Según la Resolución Decanal n.° 016-D-FCB-2003, la escuela de ciencias biológicas cuenta con las especialidades en Zoología, Botánica e Hidrobiología y Pesquería.
Esta unidad provee un apoyo esencial a la comunidad universitaria en el fomento del estudio, la docencia y la investigación.
La biblioteca fue reinaugurada en septiembre del 2020 tras ampliarse el pabellón en el que se ubicaba.
Así, actualmente cuenta con un área aproximada de trescientos cincuenta metros cuadrado y se encuentra en el tercer piso del denominado pabellón de docencia.