Durante el periodo virreinal no fueron pocas las veces que sufrió intervención, especialmente en las materias de estudio.
Los ingresos no fueron problema menor, pues en varias oportunidades se veían privados de las rentas asignadas, alterando su normal desempeño.
A este siguieron otros decretos: Durante la década de 1840 tuvo un rol importante en la vida política del país, pues debido a su rector, Bartolomé Herrera, participó en los debates doctrinarios contra el Colegio Guadalupe, que tenían como eje la soberanía del pueblo y el sufragio de los indios.
No pasaría mucho para que San Carlos se orientara hacia un liberalismo moderado alejándose de la línea conservadora que lo había distinguido por muchos años.
Entre los rectores que rigieron el Convictorio de San Carlos [1], desde sus orígenes hasta 1836, es posible anotar: