Sus estudios elementales los realizó de manera dispersa, en Jaqui, Ica y San Joaquín.
Llegó a dominar el idioma latín e hizo incluso una traducción de La Eneida.
Esto disgustó a los demás alumnos, quienes atacaron al rector en un pasquín titulado “La Avispa”.
Aprovechó esa oportunidad para aprender el idioma quechua y tradujo una Doctrina cristiana, manual de ayuda para los sacerdotes.
Una vez más retornó a Lima en 1861, donde reanudó sus estudios de mineralogía y botánica.
En esta oportunidad, estudió las formaciones geológicas e identificó fósiles y algunos afloramientos minerales.
Fundó una Academia de Ciencias (1882-1892), donde impartió hasta 30 cursos distintos, algunos enseñados por primera vez en Perú, como por ejemplo Fitoquímica, Urografía práctica, Petrografía.
Una compilación de sus trabajos como quechuista y naturalista, aparecidos en publicaciones periódicas, fue realizada por Francisco E. Ruiz Alarco, en dos volúmenes (1951).