En su diseño se planteó como elemento indispensable del sistema que este tuviera un carácter regional y cooperativo, que al no estar centralizado en una determinada institución o país, basara su fortaleza en el trabajo compartido y en la cercanía a las fuentes que generan o distribuyen datos sobre las revistas.
Latindex ofrece cuatro bases de datos sobre las revistas académicas que se publican en Iberoamérica: Los usuarios de Latindex son principalmente editores, bibliotecarios y profesionales de la información, administradores de la actividad científica y académicos interesados en la documentación científica, la industria editorial y las revistas académicas iberoamericanas.
En cada uno de los países participantes existe una institución responsable: Mediante un acuerdo alcanzado en 2005, la REDIAL (Red Europea de Información y Documentación sobre América Latina) con sede en Francia, es la instancia encargada de ingresar y actualizar las revistas latinoamericanistas en el Sistema Latindex.
Desde 1997 a la fecha se han celebrado un total de 18 reuniones técnicas en los diversos países participantes: El desarrollo del Sistema Latindex se apoya fundamentalmente en los recursos propios de las instituciones participantes.
Para actividades específicas se han obtenido apoyos de la UNESCO (Sector Ciencia-París y Oficina Regional-Montevideo); el Consejo Internacional para la Ciencia (ICSU Press); la Academia de Ciencias del Tercer Mundo (TWAS); la Organización de los Estados Americanos (OEA), la International Network for the Availability of Scientific Publications (INASP) y el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) México.