Como tal, es el primer museo en mostrar colecciones de zoología, botánica, ecología y geociencias del país.
El personal inicial estaba constituido por un jefe conservador y tres jefes de áreas correspondientes a las secciones de zoología, botánica y mineralogía, quienes integraron las primeras expediciones científicas que recolectaron las primeras muestras para la instalación del museo y como material de estudio.
La primera expedición científica universitaria la organizó el mismo Dr. Rospigliosi, en abril de 1918.
La segunda expedición, nombrada por la Sociedad Geográfica de Lima, se realizó en 1920.
El herbario de la colección "Raimondi" fue retenido en la escuela de farmacia y algunos años después enviado a Alemania para su clasificación, posteriormente retornaron al museo donde se conservan y exponen hasta la actualidad.
A mediados del siglo XX, el museo contaba con importantes colecciones de la flora, fauna y gea del Perú, así como también contaba con la importante colaboración de investigadores peruanos y extranjeros como Augusto Weberbauer, Ramón Ferreyra, Javier Ortiz de la Puente,[1] Enma Cerrate, Wolfgang Weyrauch, los esposos Hans Koepcke y María Koepcke, entre otros.
En 1971 el museo perdería a una de sus principales investigadoras, la ornitóloga María Koepcke, en el fatídico accidente aéreo del vuelo 508 de LANSA, en su honor una de las salas del museo tiene una placa que recuerda su labor y homenajea a su hija, única sobreviviente del accidente.
Esta exposición es la primera muestra interactiva en botánica del Perú, con didácticos paneles que interactúan con el público.