Fue ministro plenipotenciario en la República Argentina (1904-1905) durante el mandato del presidente José Pardo.
Logró normalizar la hasta entonces tensa relación diplomática con Chile, país con que el Perú enfrentaba la espinosa cuestión de Tacna y Arica, debido a la negativa de aquella nación a realizar el plebiscito estipulado en el Tratado de Ancón.
Sin embargo, esa relación volvería a resquebrajarse pocos años después.
Completaban su gabinete: Melitón F. Porras Osores (Relaciones Exteriores); el general Pedro E. Muñiz (Guerra y Marina); Germán Schreiber Waddington (Hacienda); Antonio Flores (Justicia e Instrucción); y Julio Ego-Aguirre (Fomento).
Hubo también una seria amenaza de conflicto bélico con el Ecuador, llegando al punto de decretarse la movilización del ejército, pero finalmente la guerra no estalló.
Prado renunció precisamente por estar en desacuerdo con el canciller Porras, que había optado por la mediación en el conflicto con Ecuador.
Dentro de sus ideas positivistas, consideraba que la solución de los males del Perú era elevar el carácter moral para lo cual se debía «renovar nuestra sangre por el cruzamiento con otras razas» y educar mediante el trabajo y la industria.