Durante aquel período, la Compañía de Jesús tuvo a su cargo diferentes instituciones educativas, dentro las cuales también destacan el Colegio Máximo de San Pablo de Lima, el Colegio del Príncipe y otros 15 colegios en otras ciudades del virreinato del Perú.

indica que la apertura de un colegio jesuita en el Perú generó diferentes reacciones, tanto favorables como críticas.

[2]​ Así, en 1878, el diario "El Nacional" traía en su página editorial un párrafo sobre la Compañía de Jesús y sus miembros:

El entonces presidente, ese mismo año, rehúsa aprobar esta ley del congreso.

El Colegio es reabierto y mientras tanto pasa por diferentes locales, entre ellos una casa en la calle Corcovado, hasta que los jesuitas adquieren en remate los terrenos del Jardín "Tivolí Francés", ubicado en la Avenida La Colmena.

Mientras tanto, en el colegio se desarrollan diferentes iniciativas culturales, deportivas y religiosas, tales como la Legión Berchmans (grupo Scout del colegio, actualmente Santiago de Surco 117), la Asociación de Exalumnos, la Academia de Ciencia y Geografía, y tradiciones como la festividad a San Luis Gonzaga.

Fueron en total 65 años durante los que funcionó el colegio en el local de La Colmena.

En 2003, el colegio celebró sus 125 años mediante ceremonias religiosas, verbenas, cenas especiales y diferentes actividades escolares.

El Congreso de la República del Perú le otorgó un reconocimiento al colegio debido a su importante colaboración en el desarrollo de la educación peruana; los actos estuvieron dirigidos por el entonces presidente del congreso, Carlos Ferrero Costa.

En la década del ochenta se sientan las bases para que el Colegio De la Inmaculada sea un colegio moderno y ecológico, que sirva de modelo en Lima y el Perú.