Un rápido inventario ecológico realizado por Wildlife Conservation Society (WCS) en el parque nacional Bahuaja Sonene permitió descubrir 365 nuevas especies de flora y fauna.
El parque concentra el 25.05 % de las aves y el 33.66 % de mamíferos que se encuentran en el Perú.
[3] El área protege la Pampas del Heath, la única zona de sabana húmeda tropical en el Perú, que contiene vegetación y aguajales (Mauritia flexuosa).
En el parque se ha identificado trescientas cinco especies de aves y la presencia de Blastocerus dichotomus y Chrysocyon brachyurus.
En sus 1 092 416 ha, protege ambientes muy variados, ubicados entre los 200 y los 2450 m s. n. m.[5]