[10]​Figura en la posición 40 dentro de las universidades chilenas según la clasificación webométrica SCImago Institutions Rankings (SIR) 2024.

[12]​ Ignacio Domeyko, científico y profesor del Instituto Nacional General José Miguel Carrera manifiesta por primera vez -durante un seminario de en el año 1842- la necesidad cambiar el sistema de educación en Chile,[13]​ inspirado en los modelos que se estaban implantando en Europa en donde se estaba empezando a desarrollar una nueva ciencia: la pedagogía.

En aquella época, Domeyko era un joven inmigrante cuyas lecciones universitarias en los alrededores de su patria, particularmente en París, Francia, fueron la base del proyecto que intentó emprender en Latinoamérica.

[14]​ La propuesta del profesor polaco, nacionalizado chileno, fue que se creara una escuela normal similar a una que él mismo había conocido de la mano del filósofo francés Victor Cousin.

[15]​ En este proyecto, usando una decena de las becas que eran otorgadas desde el gobierno liberal de Francisco Antonio Pinto y Díaz de la Puente al Instituto Nacional en 1829, alumnos capitalinos y de regiones, pudieran estudiar y hospedarse en un departamento especial del liceo por dos años repasando los estudios que ya habían sido impartidos en sus escuelas, para luego especializarse en el área que más les interesase por otros dos años más en la universidad.

Notando desde un primer momento la poca preparación del profesorado chileno, se percató, además, que incluso bajo la dirección de esta institución, que disponía de los mejores docentes nacionales (entre ellos destacaban los profesores Amunátegui, Vendel-Heyl, Lobeck, Pizarro),[18]​ la enseñanza resultaba tosca y no tenía la didáctica que él consideraba necesaria.

Sobre todo influido por la ya mencionada experiencia que tuvo con Barros Arana durante sus estudios básicos: Manuel Montt intentaría retomar la idea original de Domeyko de anexar el hipotético Instituto Pedagógico al Instituto Nacional, que otorgaría 20 becas para aspirantes a profesores, pero al hacer esto sería inevitable la absorción del antiguo establecimiento por el nuevo, como ya había pasado antes cuando el Liceo A0 desarmó la totalidad del inmueble y cuerpo académico de la Real Universidad de San Felipe el año 1813,[21]​[22]​ por lo que la idea fue desechada.

[26]​ Fue contratado un selecto grupo de docentes alemanes[27]​ de amplia experiencia quienes con dedicación exclusiva pudieron crear sus cátedras y dedicarse a la investigación, el primer cuerpo académico del Instituto Pedagógico estaba constituido por un chileno, Enrique Nercasseau y Morán, y por los profesores alemanes: La mayoría de los docentes que llegaron al antiguo Instituto Pedagógico, lo hicieron, en parte, por los conflictos bélicos europeos de inicios del siglo XX y la exhaustiva persecución antisemita.

Hasta fines del siglo XIX los profesores habían sido formados muy precariamente en las Escuelas Normales de Chile.

La dirección del Instituto fue entregada al alemán don Friedrich Richard Adelbart Johow[36]​ y su primera generación de profesores egresó el año 1896.

Durante esta rectoría el Instituto Pedagógico tendría, por reglamento, una importancia mayor, la labor de formación docente se intensificó como nunca, formando ahora profesores con capacidades administrativas en lo relativo a la educación.

Mientras el Pedagógico crecía y ganaba prestigio, se hizo indispensable expandir su manto educador hacia otras regiones del país.

Fue ubicado en los cerros de Playa Ancha en una inmejorable localización donde convivía la vida universitaria junto al bullicioso puerto.

Tres carreras dieron inicio al programa: Pedagogía en Castellano, en Francés e Inglés.

Ante estos hechos y las noticias del bombardeo a la Moneda, la comunidad universitaria se marchó para evitar una masacre, ya que intentar una resistencia era evidentemente inútil.

A partir de este día, la represión se ejerció sobre la comunidad universitaria, varios profesores, estudiantes y funcionarios fueron detenidos, asesinados o desaparecidos.

Con el fin de intervenir las universidades, se dictaron diversos decretos leyes que modificaron profundamente la institucionalidad universitaria.

Además en los años siguientes instalarían campos de detención y tortura cercanos al Pedagógico (en especial hacia el recinto conocido como Venda Sexy ubicado en calle Irán con Los Plátanos y el de José Domingo Cañas en Ñuñoa) desde donde los detenidos eran trasladados.

18433 de 1985,[4]​ estructura que no ha sufrido cambios hasta hoy, tanto en su organización como su administración.

[60]​ Durante la dictadura cívico-militar, según el informe Rettig, hubo 42 estudiantes del Instituto Pedagógico, en ese entonces perteneciente a la Universidad de Chile, que fueron detenidos(as) y asesinados(as) por los organismos de inteligencia del régimen de Augusto Pinochet, tales como la DINA y posteriormente la CNI.

[61]​ Luis Rubilar Solís, académico actual de la UMCE, lo describió como un "represor por excelencia".

[61]​ A lo anterior, se suman confusos casos de exoneraciones que involucraban hablar en actos públicos.

[61]​ Esta situación habría afectado directamente no solo a dirigentes estudiantiles sino también académicos y funcionarios.

[61]​ A juicio de sus detractores, las razones financieras esgrimidas por su rectorado no resultan convincentes teniendo en cuenta el superávit presupuestario de 1985 ($700 millones) que alcanzó para construir dos casinos nuevos.

Alejandro Guzmán Brito recuerda que los conflictos con estudiantes del Pedagógico fueron bastante agresivos.

Herrera Cajas, según testimonio del profesor Guzmán, siempre mantenía una postura rígida y un rostro severísimo, causando gran impresión en sus temerosos colegas.

Pese a las condiciones de deterioro que la universidad ha sufrido desde los años 90, su tradición y prestigio asociados al mítico Instituto Pedagógico sigue vigente.

Desde su creación en 1942, el Liceo Experimental Manuel de Salas (LEMS) siempre había estado a cargo del Instituto Pedagógico, y en consecuencia, al ser la UMCE sucesora legal desde este,[60]​ debió administarlo hasta 2002, año en que fue traspasado a la Universidad de Chile sin consulta alguna ni compensación.

En 1983, se incorporan en su matrícula varones en séptimo año básico, y en los años siguientes, a los demás cursos.

[67]​ El Liceo es entonces un establecimiento Particular Subvencionado, impartiendo en Educación Media la modalidad Científico Humanista y Técnico Profesional, con la especialidad de Administración.