En el siglo V, Santa Genoveva adquirió las tierras colindantes e hizo construir una iglesia, que fue ampliada dos veces durante la época merovingia, especialmente durante el reinado de Dagoberto I.Hacia 750 se empezó a construir un nuevo santuario por orden de Pipino el Breve.Durante la época carolingia se construyó una iglesia en forma de basílica, con tres naves y un transepto, la cual fue renovándose con el transcurso de los años hasta el siglo XIV.Durante la primera mitad del siglo XII, el abad Suger, consejero de Luis VI el Gordo y de Luis el Joven, hizo derribar el deambulatorio carolingio y erigir la primera obra gótica.Durante las guerras de religión, los protestantes y los católicos se enfrentaron en 1576 en una violenta batalla, y en 1593 Enrique IV abjuró del protestantismo para ascender al trono.Dagoberto I fue el primer rey que quiso ser enterrado en Saint-Denis.Este instrumento, construido en 1840 por Aristide cuando solo tenía veintitrés años, conlleva un número considerable de innovaciones que lo convierten en un prototipo único en el mundo, con el que se inicia la era del órgano romántico, aunque sea considerado, asimismo, como el órgano clásico francés.Actualmente el monumento está abierto al público y está dividido en dos espacios: San Luis se negó a la inhumación de Isambur de Dinamarca.En el mes de agosto tenía que llevarse a cabo la misma.En 2008, un anciano que guardaba la cabeza del Rey desde 1955, la sacó a la luz, siendo analizada por un grupo multidisciplinar de científicos, que, por medio de rasgos distintivos, la edad, el sexo y superposiciones del rostro del mismo comprobaron que realmente correspondía a Enrique IV.La cabeza será enterrada de nuevo junto al cuerpo en la basílica.
