Supo rodearse de consejeros y coadjuntores competentes que compartieran sus ideas y gracias a ello fortaleció el poder central del rey de Francia, tanto nacional como internacionalmente.

Esta reformas, a pesar de todo, apenas tuvieron continuidad y arraigo en el reino navarro.

El nuevo papa Bonifacio VIII, elegido el día de Nochebuena de 1294, se propuso hacer valer su plenitudo potestatis sobre los reyes y en 1296 promulgó la epístola decretal o bula Clericis laicos en la que prohibía a los soberanos cualquier exacción fiscal sobre el clero sin autorización pontificia, bajo pena de excomunión.

La bula papal provocó un breve período de tensión con el rey Felipe que pronto se solucionó mediante un compromiso.

Este último documento contenía una renuncia formal a las pretensiones emitidas en la epístola decretal Clericis laicos, en defensa de los bienes eclesiásticos contra la arbitrariedad de los reyes[cita requerida].

Sin embargo, las actas del proceso no muestran ninguna prueba que acredite esas acusaciones.

[6]​ Felipe intentó obtener el desafuero por parte del papa, pero Bonifacio, en la bula Ausculta fili (Escucha, hijo), hecha pública el 5 de diciembre de 1301, reprueba al rey francés por no haber tomado en cuenta otra bula, la Clericis laicos sobre los impuestos a los clérigos, y por no obedecer al obispo de Roma.

Sus cinco o seis líneas altaneras se pensaron para incluir una cuidadosa frase: ...Scire te volumnus quod in spiritualibus et temporalibus nobis subes (i. e., queremos que sepas que tú eres nuestro súbdito tanto en los asuntos espirituales como en los temporales).

Como si ello no bastara, también se añadía que quien lo negara era un hereje (lo cual era una frase hiriente para "el nieto de San Luis").

Nogaret se reunió con un enemigo personal de Bonifacio VIII, Sciarra Colonna, miembro de la nobleza romana, quien le señaló que el papa se refugiaba en Anagni en Italia.

Al ver aproximarse a Guillermo de Nogaret y a Sciarra Colonna, inclinó levemente la cabeza y declaró:" He aquí mi cabeza, he aquí mi tiara: moriré, es cierto, pero moriré siendo papa."

Con la violencia del golpe, el anciano cayó estrepitosamente de su trono.

El papa murió un mes más tarde sin reconocer a sus parientes y rehusando la extremaunción.

Así que, entre otras cosas, le pidió la supresión de la Orden del Temple en 1307.

Sin embargo, el dinero francés hizo al rey alemán romper la alianza con Inglaterra y retirarse del conflicto con Francia.

[11]​ La boda de Juana de Borgoña se llevó a cabo con Felipe el Largo y tuvo lugar en 1307, pero en 1318 siendo rey confirmó a Juana la posesión hereditaria del condado, una vez fallecido su hijo varón.

Ocupó una celda abierta a los vientos en la cima del torreón, donde murió en 1315.

Algunos dicen que fue estrangulada, pero sus condiciones de encarcelamiento no ponen en duda una muerte por desgaste del cuerpo.

La encerraron bajo tierra por siete años y luego obtuvo la autorización de tomar el hábito religioso.

Su sepultura, como la de otros príncipes y dignatarios que reposaban en ese lugar, fue profanada por los revolucionarios en 1793.