Atlas Fútbol Club

[16]​ Atlas y Rayados tenían que disputar un partido de desempate en campo neutral para determinar quién avanzaría a semifinales.

[16]​ Atlas consiguió su cuarto título de copa con Pepe Delgado, Fernando Padilla y José Rodríguez como las máximas figuras.

[17]​[26]​ Ascendió en un año otra vez de la mano del "Pistache" Torres,[24]​ en esa época vivió los peores años de su historia implantando marcas negativas para el fútbol mexicano, como las nueve derrotas consecutivas en 1980-81, los 11 partidos (1075 minutos) sin anotar gol también en 1980-81[27]​ y los 11 años sin clasificarse a una liguilla (1973-74 a 1983-84).

[28]​ Durante su primer año en este club Marcelo dedicó sus esfuerzos en potenciar la cantera de la institución, como ya hizo en Rosario.

[33]​ Con todo y este duro revés, la mesa directiva de la institución decidió mantener a La Volpe en su puesto para el siguiente campeonato.

El club finalizó la fase regular clasificado como cuarto, logrando obtener triunfos destacados como los suscitados ante rivales como Chivas (3-2),[13]​[33]​ Pumas (4-1),[33]​ Tecos (1-2)[33]​ y Santos Laguna (2-3).

[47]​ Con esto Atlas terminó segundo en su grupo con 8 puntos, uno menos que River Plate y avanzó a la siguiente ronda en donde le tocó medirse ante el Junior de Barranquilla.

A Atlas le tocaba medirse ante el Guadalajara, que había terminado en quinto lugar en el torneo; en la temporada regular Atlas había derrotado a las Chivas por 3-1 con una gran actuación de De Pinho y era la segunda vez que ambas escuadras se veían las caras en Liguilla.

Atlas concluyó el Clausura 2006 con un total de 20 puntos y con Emmanuel Villa como la máxima figura del torneo, con 10 anotaciones.

[cita requerida] Para el Apertura 2008 Bruno Marioni fue vendido al Pachuca,[118]​ pero los Rojinegros consiguieron fichar a Gonzalo Vargas,[119]​ Darío Bottinelli y Ariel Bogado.

[123]​ Inmediatamente el equipo repuntó y consiguió 2 victorias consecutivas ante Puebla por 2-0[124]​ e Indios de Ciudad Juárez por 2-4.

El siguiente semestre fue desastroso para los Rojinegros, conseguir tan solo 18 puntos, y quedar nuevamente fuera de la liguilla terminando en decimoquinta posición.

En la última jornada Atlas fue goleado 3-0 por Tigres y no logró clasificarse a la liguilla, al concluir con un total de 23 puntos.

A causa del débil plantel del equipo este no pudo conseguir otra victoria hasta la jornada 13, cuando derrotó sorpresivamente a los Pumas por 1-4 en el Estadio Olímpico Universitario, con dos goles de Jahir Barraza y goles individuales de Ricardo Bocanegra y Daniel Arreola.

[224]​ En la siguiente jornada Atlas visitó al Pachuca en el Estadio Hidalgo, y lo derrotó 0-3,[225]​ siendo su único triunfo del torneo.

[229]​ Tomás Boy tomaría las riendas del equipo en donde no mostró mejoría, cosechando una racha de 3 empates consecutivos.

[235]​ En las siguientes jornadas el Atlas entró una mala racha 4 de derrotas ante Morelia,[236]​ San Luis, Guadalajara,[237]​ León[238]​ y un empate en casa ante Puebla por 2-2.

[239]​ Atlas concluyó el torneo con solamente 12 puntos, para terminar la temporada en penúltima posición, con graves problemas de descenso.

[250]​ En la jornada 10 los Rojinegros derrotaron al Toluca 0-1 gracias a un gol de Rodrigo Millar desde fuera del área, en el minuto 80.

[255]​ En la jornada 15 Atlas derrotó 1-0 al Guadalajara con un gol de Rodrigo Millar llevándose una vez más el Clásico Tapatío y consiguiendo su pase a la liguilla.

[267]​ De cara al Clausura 2014 Atlas se reforzó con Federico Vilar,[268]​ Enrique Pérez,[269]​ Maikon Leite[270]​ y José Ortigoza.

De cara al Apertura 2014 Atlas mantuvo a Tomás Boy como técnico y se reforzó con Aldo Leão Ramírez, Enrique Esqueda,[282]​ Edy Brambila, Luis Nery Caballero,[283]​ entre otros.

Para el Clausura 2017 aún con José Guadalupe Cruz como técnico, y durante las primeras seis fechas obtienen solo 7 de 18 puntos.

[348]​ Gerardo Espinoza tomaría el cargo[349]​ en donde logró tres triunfos: 3-2 ante Santos,[350]​ que posteriormente sería campeón de ese torneo, 1-0 ante Querétaro[351]​ y Chivas.

[356]​ En la venta se incluyó a la plantilla del equipo, las instalaciones de entrenamiento y los distintos terrenos pertenecientes al club.

[360]​ Leandro Cufré continuaría en el siguiente torneo,[361]​ que dio principio con una victoria fuera de casa ante Cruz Azul por 1-2, pero sería destituido[362]​ al perder ante Puebla[363]​ y Tigres.

[366]​ Al siguiente torneo Rafael Puente continuaría en las tres primeras jornadas en donde solamente sumó un punto y un gol a favor.

[375]​En semifinales Atlas derrotaría en la ida por 0-1 a Universidad Nacional en Ciudad Universitaria, al final en la vuelta el marcador global terminaría de nueva cuenta empatado 1-1 y Atlas avanzaría por mejor posición en la tabla a la final del fútbol mexicano luego de 22 años.

En este partido una vez más Camilo Vargas fue figura al atajar varias ocasiones de gol en contra.

Entre los jugadores destacados que han salido de la cantera rojinegra se encuentran: Rafael Márquez, Alfredo “Pistache” Torres, Pavel Pardo, Oswaldo Sánchez, Jared Borgetti, Daniel Osorno, Miguel Zepeda, Juan Pablo Rodríguez, Jorge Torres Nilo, José de Jesús Corona, Juan Carlos Medina, Andrés Guardado y en años más recientes Luis “Hueso” Reyes y Jeremy Marquez.