[16]​ La idea seguía siendo colocar al equipo en Gómez Palacio, pero por falta de infraestructura deportiva en la ciudad la franquicia tuvo que ser desplazada a Torreón en donde Juan Abusaid Ríos, en ese entonces propietario del Estadio Moctezuma, le ofreció a Díaz Couder su estadio para ser sede del equipo.

[21]​[22]​ La alineación titular utilizada para el primer partido oficial en la historia del club fue: Joel Flores, Carlos González, Luis González, Juan Rodríguez, Martín Martínez, Guadalupe Romo, José Luis Hernández, José Próspero Hernández, Leobardo Ávalos, Sergio Alberto Morales y Guillermo Galindo.

En este torneo destacaron jugadores como Guillermo «El Choque» Galindo, Carlos González, Julio César Armendáriz, Tomás Moreno y Fernando de la Rosa.

Esta temporada se logró el liderato de la Segunda División "A", en la liguilla Santos se enfrentó a la Universidad de Colima, Correcaminos y Zacatepec, registrando dos victorias, un empate y tres derrotas, lo cual no fue suficiente para pasar lograr el ascenso.

[31]​ El equipo se mantuvo en la irregularidad la primera parte del torneo, en donde solo consiguieron cinco victorias en 20 partidos, motivo por el cual Carlos Ortiz fue despedido y en su lugar llegó Diego Malta, quien solamente dirigió siete partidos sin conseguir ni una sola victoria y se decidió traer de regresó a Carlos Ortiz, con quien, a pesar de haber tenido un mal torneo, el equipo se salvó del descendo al terminar en la posición 18.

Carlos Ortiz se mantuvo como técnico las primeras cuatro fechas y entonces fue despedido para darle lugar a Rubén Matturano.

[32]​ Esta misma temporada, el joven Ramón Ramírez hizo su debut en Primera División, marcándole al Club Deportivo Guadalajara.

[40]​ En la siguiente temporada, Miguel Ángel López emigró a Argentina para dirigir al Independiente y en su lugar llegó Patricio Hernández.

Gabriel Caballero consiguió el primer campeonato de goleo para la institución con doce goles, junto con Lorenzo Sáez.

Santos clasificó a su segunda Copa de Concacaf disputando un partido preliminar contra Los Angeles Galaxy, el cual perdió 4-1.

Durante la temporada regular solo perdió dos partidos y se posicionó segundo de la clasificación detrás del Toluca, así clasificó a la liguilla por quinta ocasión.

El Torneo Apertura 2003, la institución celebró su vigésimo aniversario y para buscar regresar a la liguilla los directivos reforzaron el equipo con varias contrataciones, destacando las de los argentinos Matías Vuoso y Sixto Peralta, que llegaron del Manchester City e Internazionale respectivamente.

En el Torneo Apertura 2005, Santos traspasó a Denis Caniza, Héctor Altamirano y Gabriel Palmeros, los últimos jugadores del equipo que participaron en libertadores.

Matías Vuoso consiguió el bicampeonato de goleo con once anotaciones empatado con Kléber Boas, Walter Gaitán y Sebastián Abreu.

En la vuelta celebrada en Torreón Santos Laguna venció a Monterrey por marcador 2-1 con goles de Daniel Ludueña y Oribe Peralta.

[128]​ También, con la finalidad de reducir la nómina, el club traspasó a los futbolistas Hérculez Gómez, Gerardo Lugo y Aarón Galindo.

El equipo terminó como octavo de la tabla general y se calificó a la liguilla en la última jornada tras empatar contra Puebla.

Al medio tiempo del encuentro se reconoció a figuras internacionales como Jorge Campos, René Higuita, Franco Baresi, Gabriel Batistuta, George Weah, Enzo Francescoli y Bebeto, que fueron invitados para formar parte de la celebración.

[192]​[193]​ En su mejora continua, se realiza una nueva negociación con la marca Pony, la cual logró mantenerse durante el lapso de 1992 a 1994.

[197]​ En diciembre de 2010, Santos terminó su contrato con Atletica para firmar otro con la manufacturera Puma como patrocinio del equipo deportivo por dos años, aunque se había anunciado anteriormente un convenio con Nike, nunca se llegó a un acuerdo ya que además el equipo tenía que deshacerse de sus ocho patrocinadores.

En 1996, Martín Ibarreche decidió contratar al chileno Wildo Labarca para que compusiera un nuevo himno titulado «Verdiblanco el corazón».

En cuanto al jugador que más títulos oficiales logró, esa distinción la ocupan Rafael Figueroa, José Abella, Néstor Araujo, Carlos Izquierdoz y Djaniny Tavares con un total de cuatro.

Otro entrenador destacado fue Benjamín Galindo, quién se desempeñó al mando en dos períodos uno en 2006 y el otro de 2011 a 2012, en donde ganó una liga.

[245]​ La cantera o el fútbol base del Club Santos Laguna tuvo sus inicios a principios de los años 1990.

En la época reciente las fuerzas básicas del club han tenido un crecimiento y protagonismo en los nuevos formatos que creó la Federación Mexicana de Fútbol en 2006.

Para iniciar las gestiones del club mochitense, Santos Laguna envió diez futbolistas originarios de sus fuerzas básicas.

Esto gracias a la llegada del mediocampista mexicano Efraín Juárez, que fue el trampolín para iniciar las conversaciones entre ambas directivas.

Gracias a este convenio se dio el intercambio del jugador juvenil Adrián Ruelas,[262]​ quien probó suerte con los escoceses durante unos meses.

Ambas instituciones trabajan conjuntamente con la fundación «Guerreros de Corazón» y la misma del club escocés «Celtic Charity Fund».

[264]​[265]​ Tras este convenio laboral, diversas áreas del club lagunero se vieron fortalecidas de manera notable.