[4] La idea seguía siendo colocar al equipo en Gómez Palacio, pero por falta de infraestructura deportiva en la ciudad la franquicia tuvo que ser desplazada a Torreón en donde Juan Abusaid Ríos, en ese entonces propietario del Estadio Moctezuma, le ofreció a Díaz Couder su estadio para ser sede del equipo.
[7][3] El equipo fue formándose y Juan Manuel Ramírez Meza fue quien inició con los entrenamientos, sin embargo, al no tener licencia para dirigir en el fútbol profesional se tuvo que recurrir al peruano Grimaldo González, quien tampoco pudo dirigir al equipo por ser extranjero y no contar con naturalización, y fue entonces que a pocos días del arranque de la temporada llegó Fernando Zamora, exjugador de los Diablos Blancos de Torreón, a ser el técnico del equipo.
En su primer año en la Segunda División "A" el equipo se mantuvo en los últimos lugares y para permanecer en la categoría tuvo que disputar la liguilla por el no descenso, en donde registró tres triunfos, dos empates y una derrota, obteniendo así la salvación.
En este torneo destacaron jugadores como Guillermo «El Choque» Galindo, Carlos González, Julio César Armendáriz, Tomás Moreno y Fernando de la Rosa.
[16] El equipo se mantuvo en la irregularidad la primera parte del torneo, en donde solo consiguieron cinco victorias en 20 partidos, motivo por el cual Carlos Ortiz fue despedido y en su lugar llegó Diego Malta, quien solamente dirigió siete partidos sin conseguir ni una sola victoria y se decidió traer de regresó a Carlos Ortiz, con quien, a pesar de haber tenido un mal torneo, el equipo se salvó del descendo al terminar en la posición 18.
Carlos Ortiz se mantuvo como técnico las primeras cuatro fechas y entonces fue despedido para darle lugar a Rubén Matturano.
[17] Esta misma temporada, el joven Ramón Ramírez hizo su debut en Primera División, marcándole al Club Deportivo Guadalajara.
[25] En la siguiente temporada, Miguel Ángel López emigró a Argentina para dirigir al Independiente y en su lugar llegó Patricio Hernández.
Gabriel Caballero resaltó en este torneo al conseguir el primer campeonato de goleo para la institución con doce goles, junto con Lorenzo Sáez.
Santos clasificó a su segundo torneo de Concacaf disputando un partido preliminar contra Los Angeles Galaxy, el cual perdió 4-1.
Durante la temporada regular solo perdió dos partidos y se posicionó segundo de la clasificación detrás del Toluca, así clasificó a la liguilla por quinta ocasión.
Bueno estuvo del equipo las primeras fechas del Torneo Apertura 2002, fue cesado luego de siete jornadas sin resultados y llegó Luis Fernando Tena quien clasificó a Santos a la liguilla como octavo lugar general, en la liguilla eliminó al campeón defensor y líder América por global de 5-4 en el Estadio Azteca, en la semifinal ante el Toluca fue eliminado por un global de 7-4.
[42] En el Torneo Clausura 2003 el equipo no logró la clasificación a la liguilla a pesar de haber conseguido 31 puntos en la etapa regular y así corto la racha que se llevaba de seis liguillas consecutivas.
El Torneo Apertura 2003, la institución celebró su vigésimo aniversario y para buscar regresar a la liguilla los directivos reforzaron el equipo con varias contrataciones, destacando las de los argentinos Matías Vuoso y Sixto Peralta, que llegaron del Manchester City e Inter de Milán respectivamente.
[43][44] En este torneo se dio uno de los encuentros más emocionantes que tuvo el Estadio Corona, se disputó entre Santos Laguna y Monterrey, el partido terminó con diez goles, producto de un empate a cinco tantos.
[46] Además, Rodrigo Ruiz impuso el récord de más pases para gol en un torneo con 11 asistencias.
En octavos de final enfrentó a River Plate, en la ida en el Estadio Corona, River se llevó la victoria con gol del juvenil Cristian Tula, en la vuelta en el Antonio Vespucio Liberti los Guerreros obtuvieron una victoria histórica al derrotar a River Plate 2-1, los goles del encuentro fueron obra de Héctor Altamirano y Matías Vuoso, y del chileno Marcelo Salas a 15 minutos del final, el partido se fue a los penales en donde el árbitro paraguayo Carlos Torres decidió repetir erróneamente el tercer penal de River el cual le atajado Cristian Lucchetti a Daniel Montenegro, Montenegro lo cobró de nueva cuenta y esta vez anotó, al final River Plate eliminó a los «Guerreros» de la Copa Libertadores.
[58] De cara al Torneo Apertura 2004 y tras los problemas administrativos surguidos el torneo pasado, los directivos se vieron en la necesidad de vender a los jugadores con mejores sueldos del equipo como lo eran Jared Borgetti, Sixto Peralta, Cristian Lucchetti, Johan Rodríguez, José Antonio Noriega, Joaquín Reyes y Héctor López; tras esta desmantelación, el equipo tuvo un irregular torneo y no logró clasificar a la liguilla.
En el Torneo Apertura 2005, Santos traspasó a Denis Caniza, Héctor Altamirano y Gabriel Palmeros, los últimos jugadores del equipo que participaron en libertadores.
Matías Vuoso consiguió el bicampeonato de goleo con once anotaciones empatado con Kléber Boas, Walter Gaitán y Sebastián Abreu.
[83] Para el Torneo Clausura 2008, se mantuvo la misma plantilla a la cual se añadió solamente el seleccionado nacional Fernando Arce proveniente de Monarcas Morelia, a cambio de los canteranos Sonny Guadarrama y Mario García.
Enfrentaron al Club América en semifinales, dónde en el Azteca Santos se llevó la victoria 2-1, en Torreón 3-3.
En la vuelta celebrada en Torreón Santos Laguna venció a Monterrey por marcador 2-1 con goles de Daniel Ludueña y Oribe Peralta.
[105][106] Para el Torneo Apertura 2012 llegaron como refuerzos Édgar Gerardo Lugo procedente de Monarcas Morelia y Oswaldo Alanís.
Al término del último encuentro, Benjamín Galindo despidió a sus dos asistentes,[107] posteriormente fue cesado por la directiva.
Pachuca, en un trueque entre directivas donde Mauro Cejas y Néstor Calderón fueron las monedas de cambio por parte del equipo hidalguense, también se contrató a Andrés Rentería.
[111] También, con la finalidad de reducir la nómina, el club traspasó a los futbolistas Hérculez Gómez, Gerardo Lugo y Aarón Galindo.
[119] La nueva época, trajo consigo la consecución por primera vez en la historia un título copero tras vencer en penales por 4-2 a Puebla.
[121] Para el Torneo Clausura 2015 se contrató a los jugadores argentinos Agustín Marchesín y Diego Hernán González, provenientes de Lanús, además, llegaron Luis Ángel Mendoza y Jesús Molina, que venían de ser campeones con el América.
El equipo terminó como octavo de la tabla general y se calificó a la liguilla en la última jornada tras empatar contra Puebla.