Actualmente dirige al Santos del Campeonato Brasileño de Serie A.
Se mantuvo en el equipo durante seis años y en 1994 paso al Clube Desportivo de Beja, equipo en el cual se retiró a los 28 años.
Durante cuatro años fue entrenador principal de las categorías inferiores del equipo y en 2003 se trasladó a Vidigueira a dirigir al Clube de Futebol Vasco da Gama.
[3] Llevó al club a alcanzar la 4.ª posición de la Primeira Liga, solamente detrás de los grandes equipos portugueses (Porto, Benfica y Sporting).
[10] En su primer torneo en México logró calificar al equipo a la liguilla, alcanzando las semifinales del Clausura 2013.
[13] Logró el campeonato del Torneo Clausura 2015 al derrotar a Querétaro en la final por marcador global de 5-3,[14] y con esto se convirtió en el noveno técnico europeo en coronarse campeón de liga en México.
Para el Apertura 2018 obtiene el liderato de la campaña, llevándolos a la liguilla y llegar a la gran final del mismo, lamentablemente los celestes fracasaron tras caer por un global de 2-0 ante el acérrimo rival Club América.
Ésta nueva eliminación a manos del rival acérrimo atrajo críticas al entrenador por parte de la afición.
Previo al arranque del Torneo Apertura 2019 consigue llevarse la SuperCopa MX, venciendo a Necaxa con marcador 4-0.
[19][20] En diciembre de 2021, Caixinha regresó al Santos Laguna antes del Torneo Clausura.
[27] Mientras jugaba y entrenaba, Caixinha siguió sus estudios los cuales comenzaron en 1993 y en el año de 1998 se graduó en Ciencias del Deporte (opción fútbol) con la mejor calificación de su clase (16 puntos sobre 20).