A los 14 años, intentó entrar al equipo de la capital regional, Deportivo Apure Fútbol Club, participante de la cuarta categoría del fútbol venezolano, sin embargo, su entrada fue negada por su corta edad.
A pesar de su corta edad, es pieza fundamental del equipo guasdalitense, que con el dorsal 9, es llamado por sus compañeros 'Makelele', en relación con su parecido con Claude Makelele.
Durante su estadía en UA Alto Apure, solo logró anotar un gol, que fue ante el equipo filial de Fundación Atlético El Vigía a través del punto penal en el estadio José Rigoberto Neiva.
De esta manera, el dorsal 26, disputa 65 minutos en su primera temporada con el Zamora, entre esos, 5' en cinco en la final ante el Deportivo Anzoátegui, logrando así su primer título como jugador profesional.
En efecto, el técnico utilizaba a Murillo como la regla del juvenil sub-20 en el once inicial.
Siguió sumando partidos durante todo el Torneo Apertura, y rompe una sequía goleadora el 1 de diciembre ante el Caracas Fútbol Club.
Su equipo obtendría el primer lugar del Torneo Clausura, y ganaría el pase a la Gran Final, contra el Mineros de Guayana.
En el partido de vuelta, Murillo se ganaría su primera expulsión gracias a la segunda amarilla cometida por perder tiempo en la fracción 92' y de esta manera, en la derrota 2-0, el Zamora y Murillo ganarían su segundo título nacional.
Jhon Murillo no sería la excepción e iría a probar suerte con el FC Basel de Suiza, sin embargo, tras una semana de prueba, el venezolano no sería suficiente para lograr ocupar la última plaza extranjera.
El primer partido sería ante el Montevideo Wanderers el 17 de febrero; Murillo anotó el primer tanto del partido tras una cabalgada desde la mitad de la cancha y una espectacular definición ante el arquero, el partido que fue dominado por el Zamora, acabó en derrota 3-2 después múltiples expulsiones al equipo zamorano, entre ellas, la primera roja directa al apureño por efectuar una plancha a un jugador del equipo uruguayo, que a pesar de dicha acción, fue nombrado mejor jugador del partido por la cadena televisiva Fox Sports.
El joven apureño aportaría a su selección nacional con dos goles, ante Haití y Honduras respectivamente.