[cita requerida] Cómo director técnico ganó títulos en Guatemala, con Municipal en dos oportunidades, en Ecuador con Barcelona en dos oportunidades y llegó al máximo logro por el equipo a nivel internacional, que fue una final de Copa Libertadores.En Argentina, con Independiente de Avellaneda salió campeón del torneo local, la Supercopa sudamericana y la Recopa disputada en Japón.En 1981 fichó para Boca Juniors, con el que se consagró campeón jugando al lado de Diego Armando Maradona, siendo una vez más capitán del equipo.Continuó su carrera en Ecuador, donde dirigió al Barcelona Sporting Club, al que llevó por primera vez en su historia a una final de Copa Libertadores en 1990 y ganó los títulos locales de 1989 y 1991.Luego pasó a dirigir al clásico rival de Independiente, el Racing Club de Avellaneda, con el que fue subcampeón del Torneo Apertura 1995 y metiendo lo en la Copa Libertadores del posterior año.En Argentina también dirigió a Huracán, Lanús y en el año 2004 fue elegido técnico de Boca Juniors, reemplazando al multicampeón Carlos Bianchi.En su segundo paso por España como entrenador lo hizo con el Espanyol de Barcelona,se hizo cargo del equipo luego que Marcelo Bielsa renunciará con el equipo en el puesto 19 de la liga.Al año siguiente tuvo un gran arranque ocupando nuevamente los primeros puestos de liga, pero el equipo no respondió en la segunda etapa del torneo y luego de 17 meses en el cargo deja el equipo.En el año 2015 Miguel Brindisi fue llamado por el presidente de la Unión deportiva las palmas para trabajar en la secretaría técnica del club español puesto que ocupa actualmente.