Cuenta con la distinción de ser el único equipo en la historia de la Liga Nacional que ha estado presente en todos los torneos nacionales y también es conocido por ser el club con las mejores fuerzas básicas del país, al formar a grandes futbolistas para el balompié guatemalteco.

Las épocas más relevantes en la historia del club se pueden resumir en 3 etapas acompañadas de importantes éxitos y gloria.

[7]​[8]​ En 1938 el club debutó en el campeonato de Liga Capitalina, contra el equipo IRCA, con el cual empató a dos goles.

[7]​ En la temporada 1965-66 el equipo logró alzar el sexto campeonato de liga en su historia, jugando veintidós partidos, ganando siete y perdiendo solo uno.

[7]​[11]​ Durante esta década se abrió un gran ciclo de éxitos para el club, en la cual logró ganar tres ligas y dos copas internacionales.

En 1973 y 1974 el equipo se consagró campeón de liga, siendo la segunda vez que obtenía un bicampeonato.

Obtuvo el derecho a jugar la Copa Interamericana contra el Independiente de Avellaneda, disputando ambos partidos en el Estadio Mateo Flores en Guatemala.

En la clasificación de 1982 quedaron novenos y nuevamente no clasificaron para estar otra vez en la disputa del título, pero sí estuvieron en su segunda liguilla donde bajaron un escalón más y fue hasta en la clasificación del año 1985 cuando se fueron a jugar una liguilla donde todos los equipos terminaron empatados con los mismos puntos.

Miguel Ángel Brindisi, argentino, le dio su pergamino número 11, a base de orden y disciplina.

Consiguiendo así su título número dieciséis bajo la dirección del entrenador argentino Horacio Cordero.

[14]​ En la final del torneo Clausura 2002, el equipo consigue ganar su vigésimo título de liga, nuevamente ante su rival Comunicaciones.

[15]​[16]​ En 2007 el técnico Enzo Trossero renuncia a su cargo y le sustituye otro argentino, Jorge Benítez.

Pero los malos resultados y la deteriorada relación con la afición, terminó con su renuncia a la mitad del siguiente torneo.

Al final del campeonato regular terminan en segundo lugar, igualando en puntos con Comunicaciones, pero con una menor diferencia de goles.

Semanas después, la directiva del club nombra como entrenador por segunda ocasión al argentino Enzo Trossero, quien ya había tenido una época gloriosa con el equipo logrando un pentacampeonato.

A los días es presentado ante la prensa para hacer públicamente su renuncia como director técnico por motivos de salud.

El club informó que Martín Planchot se haría cargo del equipo de manera interina.

Almeida se retiraba de la institución con la frente en alto pues logró enderezar el curso rojo y mejoró su funcionamiento.

Una nueva etapa iniciaba con Medford, un personaje reconocido a nivel Concacaf tanto como jugador y como director técnico.

La controversia no hizo falta, pues le acompañaba como segundo al mando un ex-referente de la institución crema: el costarricense Mauricio Solís.

De cara a la preparación para el siguiente torneo, los panameños ya no formaron parte del plantel.

Medford se marchaba luego de 8 partidos (3 victorias, 1 empate y 4 derrotas) dejando a Municipal en 8 lugar.

El argentino había sido el segundo al mando de Cordero y fue nombrado interinamente como técnico para el inicio del torneo.

Su victoria ante Comunicaciones en el Clásico 307 le valió para ganarse la confianza de la directiva y para ser confirmado como técnico del cuadro rojo.

Tras eliminar a su eterno rival Comunicaciones en semifinales, en una final peleada, Municipal tomó revancha contra Antigua Guatemala, pues sería la tercera vez que ambos equipos se vieran en una final y equipo que frustró en las dos ediciones anteriores a los rojos.

En 1963 el entrenador español Lorenzo Ausina Tour, presentó un nuevo diseño, manteniendo las características principales del escudo capitalino, pero con un estilo más personalizado para un equipo de fútbol.

En la actualidad es utilizado exclusivamente desde el Clausura 2012 para el clásico nacional, para juegos de fase final y para la CONCACAF Liga Campeones.

De los 323 clásicos que se han jugado hasta la fecha, Municipal ha ganado 109, empatado 103 y perdido 111.

El jugador que más títulos oficiales ha ganado con el club es Juan Carlos Plata con 23, además es el máximo goleador en la historia del equipo, logrando anotar 411 goles durante 20 años.

[56]​ Los entrenadores más exitosos en la historia del club han sido: el paraguayo Ever Almeida[57]​ y el argentino Enzo Trossero,[58]​ ambos conquistaron 6 títulos.