Luego de varios años buscando su ascenso a la Liga del Fútbol Profesional Boliviano, el año 2003 disputó la Copa Simón Bolívar, dónde llegó a disputar la final contra Real Santa Cruz.En esa ocasión el golero yungueño Gustavo Gois de Lira fue la figura al contener dos lanzamientos.En la Semifinal el rival fue Universitario, de Beni, y tras partidos de ida y vuelta en la que no hubo un neto vencedor, se tuvo que recurrir a los tiros penales.Otra vez Gois de Lira fue el héroe, al contener un penal y anotar el último para su equipo, con lo que se logró el pase a la final.En el partido de vuelta La Paz Fútbol Club ganó la Copa Simón Bolívar y ascendió a la Liga.En el torneo clasusura definió el campeonato con San José, en la primera final empataron en La Paz 2-2 y en la vuelta a pesar de buscar los 90 minutos la victoria lastimosamente perdieron 1-0 en Oruro.Este subcampeonato conseguido le permitió jugar por primera vez la Copa Libertadores 2008.Pese a la victoria conseguida no les alcanzó en el resultado global Atlas clasificó por marcador de 2-1.El ganador del torneo clasicaria a la Copa Libertadores 2009 bajo la denominación Bolivia 3'.hizo una campaña regular ocupando el 6° lugar con 10 victorias, 4 empates y 8 derrotas.Pese a una temporada regular en la liga se fue optimista para jugar la Copa Sudamericana de ese año.perdió 2-0 como visitante y en el partido de vuelta jugado en La Paz fue derrotado por 1-2 con goles para los visitantes de Roberto Nanni al minuto 6' y Julio dos Santos al 34', el único gol para La Paz f.c.A comienzos del 2013 el empresario Manuel Quispe gestionó la compra de la institución paceña para luego verla desaparecer del fútbol boliviano debido a las deudas que acarreaba desde hacía tiempo y que nunca pudieron ser canceladas.Pero volvió a jugar en La Paz, donde no tuvo apoyo y terminó el torneo con 7 puntos ganando solamente un partido contra San José.
