Siendo director técnico tuvo su mejor época en Boca Juniors, siendo campeón en la Recopa Sudamericana 2008 y en el Torneo Apertura 2008, más tarde pasó por Deportivo Quito, donde ganó el Campeonato Ecuatoriano de 2011.

[2]​[3]​ En 1987 vuelve al Junior, con el que juega las temporadas 1987 y 1988.

Posteriormente se convirtió en director técnico dirigiendo a Vélez Sarsfield entre 2002 y 2004, logrando un tercer puesto en el Torneo Clausura 2003.

En diciembre de 2007 fue designado para dirigir a Boca Juniors tras la no renovación del contrato de Miguel Ángel Russo,[5]​ quien dejó el cargo al no querer modificaciones en su cuerpo técnico, a pesar de haber conseguido la Copa Libertadores 2007 en su primer año en el club, y el subcampeonato del mundo en el Mundial de Clubes 2007.

Este fue el primer torneo local de Ischia como entrenador.

El 14 de mayo de 2012 fue despedido por la dirigencia del equipo quiteño tras recibir una goleada 6-0 contra Universidad de Chile en la Copa Libertadores; sin embargo, aparentemente ésta no fue la principal razón por la que fue marginado del club, se cree que fue realmente porque días antes del partido contra U. de Chile, Ischia habló muy mal de los directivos del conjunto capitalino, reclamando varias deudas y promesas que éstos tenían para con él y los jugadores.

El 2 de septiembre fue presentado a la prensa y dirigió su primera práctica.