El Torneo Clausura 1999 fue el segundo certamen y el que cerró la temporada 1998-99 de la Primera División de fútbol en Argentina.

El Club Atlético Boca Juniors alcanzó el bicampeonato, nuevamente bajo la conducción técnica de Carlos Bianchi, y consiguió el vigésimo cuarto título de su historia (decimoctavo en la era profesional).

El gran desempeño en el torneo le permitió llegar invicto a la fecha 16, en la que cumplió 40 partidos consecutivos en Primera División sin derrotas, estableciendo un récord en el profesionalismo.

La consagración hizo que revalidara su clasificación a la Copa Libertadores 2000.

Los encuentros representaron el desquite del Torneo Apertura.