[12] En 2005 abandonó el PRI y se afilió al Partido de la Revolución Democrática (PRD).
[15] Entre las acciones que impulsó como presidente municipal estuvieron la entrega de uniformes y útiles escolares gratuitos, becas para guarderías y la construcción de accesos carreteros a su municipio.
Esta acción fue criticada por el conflicto de interés que generaba que un político invitara a un viaje al extranjero a dos funcionarios electorales, poniendo en duda su imparcialidad en el futuro.
Especialmente porque Alfaro ya había hecho públicas sus intenciones de postularse como candidato a gobernador al año siguiente.
[16] Posteriormente se le cuestionó a Alfaro el hecho de que el piloto del avión, y presunto propietario del mismo, Francisco Jaime Madrid Sánchez, hubiese sido sentenciado en 2002 por delitos vinculados al narcotráfico.
[18] También, este mismo grupo parlamentario pidió «la inmediata intervención de la PGR para investigar los presuntos vínculos de Enrique Alfaro Ramírez con el crimen organizado» y le solicitó a Alfaro que abandonase su cargo como presidente municipal para enfrentar las acusaciones.
[19] En su defensa, Alfaro afirmó: «¿Quién, cuando se sube a un avión, pregunta el nombre del piloto?
¿Quién, cuando se sube a un avión, conoce la historia de quienes van manejando la aeronave?».
Como presidente municipal interino quedó el secretario general del ayuntamiento, Enrique Ibarra Pedroza.
En julio de 2019, como parte de la implementación del programa «Mi Movilidad», el gobierno estatal anunció la homologación de la tarifa del transporte público, aumentando su precio a $9.50 pesos por pasaje, incluyendo a Mi Macro, al Tren Eléctrico Urbano y a SITREN, que hasta ese momento costaba $7.00 pesos.
[39] Alfaro se defendió declarando que «esta actualización de la tarifa fue aprobada hace un año, en los últimos meses del gobierno anterior, a cargo del priista Aristóteles Sandoval».
Su acta de defunción declaró que había fallecido por un traumatismo craneoencefálico.
Los manifestantes quemaron dos patrullas e ingresaron violentamente al palacio de gobierno del estado, causando destrozos en su interior.
En ese punto intervino la policía del estado, reprimiendo violentamente la manifestación y haciendo uso de gas lacrimógeno.