Promueve una reforma al Poder Judicial para que los ministros sean elegidos a través del voto popular.

Las elecciones legislativas de 1997 marcaron un hito en la historia moderna de México, El PT obtuvo 1 senador, con 745,279 votos para los senadores un 2.54%, obtuvo 7 diputados con 756,125 votos proporcionales para los diputados un 2.51%, con esto el Partido del Trabajo logró consolidar una base de apoyo, que aunque minoritaria, les dio una fuerza real y los convirtió en un partido cuyos votos podían ayudar los partidos mayores a formar mayorías.En las elecciones presidenciales de 2000 formó alianza con otros partidos políticos, siendo el más prominente de ellos el PRD, para crear la Alianza por México, que postuló a Cuauhtémoc Cárdenas como candidato a la presidencia del país.

Cárdenas quedó tercero en la elección, detrás del triunfador Vicente Fox y de Francisco Labastida.

En ese mismo año, apoyó la candidatura de Andrés Manuel López Obrador al gobierno del Distrito Federal, que resultó vencedora en los comicios locales.

El partido ha visto decrecer las preferencias electorales a su favor, y dejó de ser la cuarta fuerza política del país cediendo su lugar al Partido Verde Ecologista de México.

Consigue seis diputados federales por mayoría relativa en coalición con el PRD, en la llamada Izquierda Progresista.

[15]​ Tras el conteo distrital el Partido del Trabajo logró acumular los votos necesarios para mantener el registro como partido por lo que el Consejo General del Instituto Nacional Electoral le restituyó sus derechos.