En el caso de ausencia absoluta del gobernador como muerte, renuncia o sustitución, el secretario general de Gobierno asumirá como encargado del despacho en lo que el Congreso del Estado nombre a un gobernador interino o substituto; mas si la ausencia absoluta se diera el día de la toma de posesión sin explicación alguna asumirá cualquier ciudadano que designe el Congreso del Estado como gobernador interino en lo que se convocan a elecciones extraordinarias.

La sucesión del gobernador de Jalisco en su ausencia absoluta procedería de la siguiente forma:[2]​ La Administración Pública del Estado auxilia al gobernador en el cumplimiento de sus funciones y facultades constituciones y legales, más no forma parte del poder ejecutivo estatal.

Sus titulares son comúnmente llamados Gabinete de Jalisco.

Su titular, denominado el fiscal general, puede ser nombrado y removido libremente por el gobernador, pero tiene que ser ratificado por lo menos con dos tercios de los diputados presentes en la sesión del Congreso del Estado.

[3]​ La Procuraduría Social del Estado es la dependencia dirigida por el procurador social con funciones de defensor del pueblo, el cual es nombrado y removido libremente por el gobernador.