Para el Clausura 2008, con la lesión del Delantero titular Hernán Rodrigo López, y el bajo nivel mostrado por Richard Núñez y Federico Higuaín recibe la confianza de Rubén Omar Romano para ser titular en el equipo junto a Salvador Cabañas.

Una peligrosa lesión y los altibajos ocasionaron que Esqueda anotara solamente ocho goles en más de 30 partidos, cuota poco productiva para un delantero centro, por lo que Pachuca opta por cederlo a préstamo al Atlas de Guadalajara en 2014.

Bajo el mandato de Tomás Boy en el Atlas, Esqueda logra regular participación y anota tres goles en diez partidos.

El 18 de abril siguiente, Esqueda anotó el 3-0 que le daría la victoria a Tigres sobre el acérrimo rival CF Monterrey en el Clásico Regiomontano 104.

En septiembre de 2005, Esqueda fue llamado por Jesús Ramírez para representar a México en el Campeonato Mundial Sub-17 en Perú .

Los miembros de ese equipo ganador (llamado la "generación dorada") fueron, junto con Esqueda, jugadores como Giovani dos Santos , Carlos Vela o Héctor Moreno.

Enrique Esqueda es convocado al equipo mayor mexicano durante la era de Sven-Göran Eriksson (2008).