Fundado en 1929 como Klub Sportowy Gdynia, el equipo adoptó su nombre actual en 1972 tras varios cambios y reorganizaciones.
En 1974, Arka Gdynia ascendió por primera vez a la Ekstraklasa, la máxima categoría del fútbol polaco, entonces conocida como I Liga.
En esta competición, el club polaco fue eliminado en la primera ronda por el equipo búlgaro Beroe Stara Zagora con un marcador global de 3-4.
[5] Durante las siguientes décadas, Arka Gdynia alternó entre la segunda y tercera divisiones del fútbol polaco.
[10] El equipo disputa sus encuentros en el Estadio Municipal de Gdynia, conocido en polaco como Stadion GOSiR.