Los orígenes del Lech se remontan a una organización que no estaba directamente vinculada con el deporte: la Asociación Católica de la Juventud.
En un principio el club no fue admitido en la máxima categoría, pero el Kolejorz («el ferroviario», apodo popular del club) presentó una protesta y la PZPN decidió, en una reunión especial, ampliar la Primera división a 14 equipos, incluyendo al KKS (en ese momento denominado Kolejowy Klub Sportowy Poznań) y el Widzew Łódź.
Ese mismo año resultó en uno de los peores para el club, pues acabó en última posición y descendió a segunda división.
Kopa reunió a los jugadores en un campo de entrenamiento en Błażejewko, salvó al equipo del descenso y doce meses después lo clasificó por primera vez para disputar competición europea al acabar tercero en la liga, a solo dos puntos del campeón, el Wisła Kraków.
La llegada al club del entrenador Wojciech Łazarek en 1980 fue clave para superar el tercer puesto y la participación europea.
Los 15 goles que anotó el máximo goleador del torneo, Mirosław Okoński y la participación de otros jugadores como Krzysztof Pawlak o Józef Adamiec fueron muy importantes para hacerse con su primera liga.
Sin embargo, el partido de vuelta en San Mamés fue una pesadilla para los polacos y el equipo español se clasificó al vencer 4–0.
La temporada siguiente se enfrentó al vigente campeón, el FC Liverpool, que no dio ninguna opción y venció por un global de 5–0.
Andrzej Juskowiak fue el máximo goleador del torneo con 18 goles y su equipo acabó con 42 puntos, dos más que el subcampeón, el Zagłębie Lubin.
Fue solo con un gran esfuerzo que el club se salvó del descenso e incluso ganó el ascenso a la próxima temporada de la primera división.
El inesperado nombramiento del joven entrenador resultó ser un revulsivo, ya que el Lech terminó la temporada en sexta posición.
Lo más importante, sin embargo, fue la conquista de una nueva copa polaca al derrotar a su gran rival, el Legia Varsovia, en los dos partidos finales en 2004.
Smuda confeccionó un equipo fuerte con la llegada al club de jugadores como Robert Lewandowski, Hernan Rengifo, Semir Štilić, Marcin Zając o Rafał Murawski.
En la Ekstraklasa 2008–09, el Lech firmó una gran temporada al acabar en tercer puesto y clasificándose para la UEFA Europa League gracias, en parte, a los 14 goles que anotó Robert Lewandowski.
La temporada siguiente, Jacek Zieliński sustituyó a Franciszek Smuda (que fue contratado como seleccionador nacional) como técnico del Lech.
El delantero Robert Lewandowski volvió a ser una referencia en ataque y fue máximo goleador del campeonato con 18 goles.
En su participación en la Liga de Campeones 2010-11 fue eliminado por el Sparta Praga en tercera ronda y ya sin Lewandowski, traspasado al Borussia Dortmund.
Sin embargo fue eliminado por el Braga, subcampeón del torneo meses después, en dieciseisavos de final tras vencer en Polonia (1–0) y perder en Portugal (2–0).