La llegada del nuevo siglo trajo buenos resultados para el equipo pomeranio, que tras retornar a la primera división en la temporada 1996-97, fue nuevamente subcampeón de liga en el campeonato del 2000-01, quedando en segunda posición por detrás del Wisła Cracovia, y alcanzando por tercera vez la final de la Copa de Polonia, siendo derrotada por 1-0 contra el Jagiellonia Białystok.

El Pogoń Szczecin juega sus partidos como local en el Estadio Municipal Florian Krygier, con capacidad para 18,027 personas.

En 2004 fue rebautizado como Estadio Municipal Florian Krygier, en honor al futbolista pomeranio, entrenador del club a finales de los años 1950.

[1]​ Después de casi un siglo desde su apertura, en 2019 se decidió llevar a cabo una importante reforma para ampliar el aforo y modernizar las instalaciones.

[2]​ La reconstrucción del estadio duró tres años y aumentó su capacidad a 21,163 espectadores.