El club fue fundado en 1919 como FK Hejčín Olomouc y cambió a Sigma Olomouc en 1966, con la entrada del Grupo Sigma como patrocinador principal del club.

El club volvió a clasificarse a la Copa de la UEFA en 1996 después de terminar subcampeón en la Gambrinus liga 1995-96.

[4]​ El Sigma terminó cuarto en la Gambrinus liga 1998-99 y de nuevo logró la clasificación para competición europea.

[7]​ El Sigma ganó la Copa checa esa temporada, pero fueron prohibidos por la UEFA a participar en la UEFA Europa League debido a las sanciones de corrupción.

[7]​ Desde 2011, Olomouc tiene un acuerdo con el FK SAN-JV Šumperk, que actúa como equipo filial.