En 1992, tras la independencia de Armenia, cambió su nombre por FC Tsement Ararat.

La siguiente temporada terminó la liga en tercera posición, pero logró revalidar el título copero.

[1]​ Ese mismo año ganó su segundo título liguero, teniendo como jugador destacado a Ara Hakobyan, máximo goleador del campeonato.

En agosto de 2001, a mitad de temporada, los propietarios del club decidieron trasladarlo a Ereván, pasando a llamarse FC Spartak Ereván,[1]​ y el Araks fue oficialmente disuelto.

[2]​ Un año después el club es refundado como equipo de la Primera Liga de Armenia, logrando un segundo lugar en la temporada 2002 pero no pudieron regresar a la Liga Premier de Armenia porque su licencia de competición estaba en manos del FC Spartak Ereván.