[1] Sus inicios fueron tras realizarse una selección para Torneo Regional con el objetivo de llegar si resultaban victoriosos al campeonato estatal.Fue en la temporada 1991-1992 que a mano de la dirección técnica de Vicente Casillas y parte de la plantilla como Julio Miranda, Jorge Velazco, Javier Pimentel, Juan Roldán, Antonio de León, Carlos Vélez, Guillermo Salcedo, Víctor Sánchez, Ignacio Méndez, Ricardo Plascencia, Ramón Gamiño, José Santos Llamas, Renato Mendoza, Ricardo Vélez, Jorge Adrián Sosa, Jorge Armando Coronel, Julio Jaramillo, Jorge Navarro, Ernesto Santillán, Martín García, Julio César Lozano y Gustavo Gutiérrez Orozco.Los Alteños, habían quedado en cuarto sitio de la tabla general con 43 puntos.En esta ronda final, el Tepatitlán fue líder del Grupo B, con 11 puntos, superando al Club Deportivo Tapatío por diferencia de goles.[2] Tras un convenio el club surge como filial del Atlético San Luis en un pacto que sostuvo con el Ayuntamiento de Tepatitlán; por lo que se logra afiliar al club en la Segunda División en reemplazo de los Toros Neza.En el segundo torneo, ahora el Tepatitlán arrasó casi a todos los equipos con victorias y quedando en segundo lugar arriba del Cruz Azul Hidalgo, donde en cuartos de final se enfrentó al Reynosa de visita dando victoria al local 1-0, donde después se supo que el Tepatitlán violó el reglamento Num 9. por meter a "cachirules" y fue eliminado de la liguilla.[8] Para esta temporada, la escuadra alteña obtuvo grandes resultado culminando la mitad del torneo como líder del grupo de lana sería la Serie A y con ello jugando el Torneo Internacional de la Liga Premier FMF Cancún 2019, enfrentándose a rivales como Red Star FC de Francia y el Atlético Paranaense de Brasil; en dicho torneo la escuadra jalisciense llegó a la final la cual perdió contra el Tlaxcala.El equipo alteño fue adquirido por empresarios veracruzanos, propietarios del equipo Racing de Veracruz, con el objetivo de utilizar la franquicia del Tepatitlán para devolver el fútbol a esa ciudad cuando las condiciones de infraestructura deportiva del puerto sean las adecuadas, algo que los directivos planean llevar a cabo en el año 2025.Los nuevos dueños intentaron trasladar al equipo a la ciudad Alteña con el objetivo de asegurar la continuidad del fútbol profesional en la ciudad ante cualquier cambio eventual,[20]sin embargo, finalmente no recibieron el aval necesario por parte de la directiva del Tepatitlán F.C., por lo que el equipo se mantendrá en Zapotlanejo bajo el nombre Acatlán F.C., aunque con planes de trasladarse a Tepatitlán en un futuro bajo el nombre Cefor Tepatitlán.Existen diversas teorías sobre las causas que llevaron a los fundadores del club a escoger estos colores, aunque no hay ninguna que esté suficientemente contrastada como para ser considerada válida.La versión más extendida señala que fue el propio ayuntamiento, fundador del club, quienes decidieron los colores.[23] Tras esto se convirtieron en los colores tradicionales de la institución y de representación del municipio en cuestiones deportivas, ya para el 2015 tras un convenio, el club surge como filial del Atlético San Luis en un pacto que sostuvo con el Ayuntamiento de Tepatitlán; se acordó se respetara el escudo, nombre y colores del equipo; por lo que se logra afiliar al club en la Segunda División de México.Estos colores siempre han estado presentes en la camiseta titular del equipo.Aunque, durante los primeros años de historia del club el uniforme fue de color blanco, más tarde se adoptó el color oficial Azul y Rojo, y blanco para uniforme alterno.El Estadio Gregorio "Tepa" Gómez fue construido para albergar primeramente a 3.000 espectadores; el cual fue inaugurado en 1970; el nombre es en honor al exfutbolista Gregorio Gómez (†) de Tepatitlán, Jalisco; quien jugó en las Chivas Rayadas del Guadalajara, los Pumas de la UNAM y para la Selección Mexicana en los 50´s y 60´s.El proyecto consiste en la demolición del estadio y la reconstrucción y remodelación del Tepa Gómez, para aumentar su capacidad a 12,500 aficionados como primera etapa; el estadio contará con tiendas, baños, palcos, vestidores y butacas; en febrero de 2021 el estadio comenzó a contar con una cancha de pasto natural.Véase el anexo de estancia en la Tercera División para saber posiciones y estadísticas.Véase el anexo de estancia en la Tercera División para saber posiciones y estadísticas.
