Núñez fue a nombre propio presidente del país en 3 ocasiones, y fue clave para el ascenso político de figuras como Miguel Antonio Caro, Carlos Holguín, Eliseo Payán, Francisco Javier Zaldúa, entre otros importantes personajes.Pese a que era un favorito en la política, era conocido por no gobernar, pues su frágil salud lo obligó en casi todos sus períodos presidenciales a alejarse del cargo y gobernar por medio de un encargado, siendo así el político que más victorias electorales ha logrado en la historia de Colombia.A los 15 años fue aceptado por el general Francisco Carmona en las tropas rebeldes para luchar en la guerra de los Supremos.[5] Estudió en la Universidad de Cartagena, en la que se graduara como bachiller licenciado en 1843.Rafael fue juez interino del segundo Circuito de Veraguas en Alanje con residencia en la ciudad de David, (hoy Panamá), a donde fue enviado por su padre por un asunto amoroso que generó escándalo en su ciudad.En octubre de 1849 su madre Dolores Moledo enfermó y viajó con ella a La Habana, en donde permanecieron seis meses.[22] En este mismo año publicó en Ruan su obra "Ensayos de Crítica Social".El país estaba en la ruina: la poca infraestructura vial existente servía para consolidar la separación entre las provincias, no había comercio regular entre estas.A pesar de ello, Núñez permaneció como líder de los liberales independientes y empezó a proponer reformas al aparato estatal en el movimiento denominado la Regeneración.En 1878 Núñez fue elegido senador por el Partido Conservador y allí fue elegido Presidente del Congreso, cargo que ocupó hasta 1880, cuando volvió a candidatearse a la Presidencia de la República.[29] En su lugar, tras la declinación del propio Núñez, fue nombrado presidente otro liberal independiente: José Eusebio Otálora.[31] La guerra se prolongó durante varios meses y concluyó definitivamente con el triunfo de la coalición conservadora en la batalla de La Humareda, bajo el mando del general Guillermo Quintero Calderón.[33] En ella tuvo un papel muy importante la Iglesia católica, como fuente para el restablecimiento del orden social.Los liberales radicales, adversarios de Núñez, se fueron acercando a Payán para cambiar el rumbo político establecido, aprovechando su ausencia.[37] Ante los rumores, Núñez decidió tomar rápidamente un vapor que lo condujo por el río Magdalena hasta Girardot.Desde allí escribió un telegrama a Payán informándole que había retomado el ejercicio de la presidencia y continuó su rumbo hacia la capital.[41] Para la letra de la canción, Torres le presentó a Síndici el poema "Himno Patriótico" escrito por Rafael Núñez en 1850.[49] Al conocerse la noticia, se le rindieron homenajes en todo el país.[7] La relación entre ambos se vio con malos ojos dadas las diferencias sociales entre ambos jóvenes, llegando al punto que el padre de Rafael envió a su hijo lejos de la ciudad para evitar que se casara por amor con la joven, quien estaba embarazada de Núñez, quien fue enviado a Panamá y fue allí donde se formalizó su primer matrimonio.La muchacha llegó a casarse con un amigo de Núñez, lo que le permitió mantener una amistad con el político.La amistad con Justo, sin embargo, se mantuvo y fue importante durante la carrera política del cartagenero.Su padre falleció en 1847, por lo que Núñez se trasladó a Panamá para acompañarlo en su lecho de muerte.Durante su estapa más crítica de matrimonio, Núñez volvió a tener contacto con su primer amor.Se frecuentaron varias veces, y llegaron a tener mucha correspondencia el uno del otro.Pese a intentos de romance iniciales, la joven no pudo concretar algo con Núñez porque estaba comprometida para ese momento.[66] Así mismo, en 1987 en Cartagena se fundó la Corporación Universitaria Rafael Núñez en su honor.[67] Rafael Núñez se menciona en El amor en los tiempos del cólera (una novela de Gabriel García Márquez, 1985) como un personaje secundario.
