Su nombre, Rafael Núñez, hace referencia al expresidente homónimo colombiano, quien escribió las estrofas del himno nacional de Colombia y quien nació en la ciudad.

Fue en Cartagena donde se dieron los primeros pasos de la aviación en Colombia.

Tras varios accidentes, problemas con su tecnología francesa y la competencia de SCADTA desde Barranquilla, CCNA fue liquidada en 1922.

Más tarde, Avianca vende las instalaciones aeroportuarias a la Empresa Colombiana de Aeródromos (ECA) quedando en administración el Departamento Administrativo Aeronáutica Civil (DAAC).

En 1996, el gobierno privatiza el aeropuerto administrativamente y en licitación pública pasa a ser de la Sociedad Aeroportuaria de la Costa S.A. (SACSA) conformada por una sociedad Colombo Española quienes lo administran actualmente.

[4]​ Desde principios del 2000, el aeropuerto se consolida como el principal aeropuerto del Caribe colombiano, y mantiene una tendencia de crecimiento continua.