[2]​ Hacia 1831, conoció al coronel Tomás Herrera, durante los conflictos en contra del gobierno de Juan Eligio Alzuru en Panamá.

Obaldía participaba en las últimas batallas contra los separatistas istmeños y logra capturar a Alzuru, que fue fusilado.

En 1833, fundó junto con el escritor Mariano Arosemena, el periódico El Vigía que se dedicó a la defensa del caudillo liberal Francisco de Paula Santander.

De Obaldía Orejuela fue fundador, junto con Mariano Arosemena, del Gran Círculo Istmeño, agrupación liberal que favorecía la autonomía del Istmo.

[3]​ Tras la guerra contra Melo el Congreso de la República dominado por Gólgotas y Conservadores, considerándolo partícipe del golpe de Estado, lo destituyó y nombró presidente a Manuel María Mallarino para terminar el periodo constitucional correspondiente a Obando.