En cumplimiento de lo dispuesto por la Constitución de 1886, la elección se realizó mediante sufragio indirecto, resultando electo el presidente por un colegio electoral conformado en proporción de uno por cada mil habitantes.
[1] Este sistema no se implantaba en el país desde 1853.
De esta manera, se presentaron las candidaturas del cartagenero Rafael Núñez artífice y líder natural del Partido Nacional y como vicepresidente Miguel Antonio Caro y el antioqueño Marceliano Vélez, general conservador adherido a los nacionalistas y miembro del Consejo de Delegatarios que redactó la Constitución del 86, el cual contaba con el apoyo del partido liberal.
Rafael Núñez, con su cuarta elección, se convirtió en el colombiano que en más ocasiones ha sido electo para Presidente de la República.
[2] Sin embargo, debió retirarse del cargo por enfermedad, el cual fue asumido por Miguel Antonio Caro, quien se convirtió en el Presidente titular tras la muerte de Núñez en 1894.