Su gobierno se caracterizó por acercarse a los liberales radicales y por la moderación del conservatismo, en el período conocido como "la Payanización".
Empezó su trasegar político en la Cámara Provincial del Cauca, donde se destacó por su oratoria.
En el segundo gobierno del presidente Núñez, entre 1884 y 1886, se destacó por su defensa de La Regeneración.
Se declaró bien nacional la propiedad personal de dicho Cerruti, lo mismo que la posee en común con los rebeldes Ezequiel Hurtado y Virgilio Quintana.
[4] Cerruti fue enviado a la cárcel y se le inició un proceso por rebelión, hasta que, en julio de 1885, un barco de guerra italiano desembarcando tropas en Buenaventura, y el capitán exigió la libertad para Cerruti, lo que llevó al rompimiento de las relaciones entre Colombia e Italia.
Núñez, sin embargo, no pudo asumir el poder por sus problemas de salud, y Payán rehusó asumir la presidencia en favor del primer designado presidencial, José María Campo, quien ejerció la presidencia hasta enero de 1887, cuando Núñez recuperó el poder en su nombre.
Fue entonces cuando el Consejo de Delegados nombró a su vicepresidente, Eliseo Payán, como nuevo presidente encargado en reemplazo de Núñez, que ya se había retirado a Cartagena.
Los liberales radicales, aprovechando la ausencia de Núñez y el progresismo de Payán se empezaron a acercar al presidente, que comenzó a tomar decisiones poco ortodoxas para un conservador como él.
Recién asumida la presidencia, Payán decretó la libertad de prensa en Colombia, hecho que despertó numerosas críticas y suspicacias entre los conservadores del país.