[6]​ Realizó sus estudios en la Universidad del Cauca en Popayán, donde obtuvo título de doctor en Jurisprudencia en 1837 y al mismo tiempo de abogado, que aunque hoy en día son la misma carrera, en aquella época eran dos saberes similares pero que se aprendían por separado.

A pesar de su experiencia fue apresado por el gobierno y estuvo privado de la libertad, hasta que Parra cayó enfermo y el senador Sergio Camargo fue designado para reemplazarlo por 3 meses.

También ejerció como gobernador del Cauca y regresó al Congreso como senador.

[12]​ La dupla de octogenarios derrotó abrumadora -pero sospechosamente-[13]​ al candidato liberal Miguel Samper y su fórmula vicepresidencial Foción Soto, ya que con 1.606 votos obtuvo el 79% de la votación.

[14]​ Por su avanzada edad, Sanclemente era visto como un títere de Caro y su candidatura se tomó como una burla aún para la época.

Manuel Antonio Sanclemente se destacó en la historia nacional como el mandatario conservador a quien le correspondió afrontar los años difíciles de la guerra de los Mil Días, la última del siglo XIX.

La regencia temporal de Marroquín desató un conflicto con Sanclemente, pues este no estaba conforme con las medidas que su vicepresidente tomó durante su ausencia, y de inmediato asumido el poder le repelió, lo cual causó un inmenso malestar en Marroquín, que desde ese día estaba buscando la forma de recuperar el poder.

También se decía sin fundamento que sus ministros tenían un sello de caucho con su firma adulterada, con la cual hacía pasar por verdaderos documentos falsificados.

[22]​ Desde el principio de su mandato Sanclemente debió afrontar la férrea oposición liberal y del llamado sector histórico del Partido Conservador, que se había vuelto partidario de una presidencia para Marroquín, el cual estaba dirigiendo las acciones golpistas desde las sombras.

La tetra se dio durante todo el día, siendo convenientemente vista desde lejos por el ministro de guerra y las fuerzas armadas, que se negaron a respaldar a Sanclemente,[4]​ y al caer la noche los cañones del Palacio de San Carlos sonaron al unísono, haciendo pública la salida de Sanclemente del gobierno.

Fuera del gobierno, Sanclemente trató en vano de volver al poder[23]​ contando con el apoyo de los también conservadores Marco Fidel Suárez[24]​, Carlos Eugenio Restrepo y del propio Miguel Antonio Caro, usando como pretexto la crisis con la que se tuvo que enfrentar Marroquín a su llegada al poder, la guerra civil y la legítima elección por voto popular de Sanclemente.

Uno de sus documentos, una carta escrita durante su encierro en Villeta, cuando estaba reciente su salida del gobierno, se encuentra hoy en poder del abogado Ramiro Bejarano[27]​, quien también es natural de Buga, al igual que el expresidente Sanclemente.

En su honor se fundaron una variedad de escuelas públicas colombianas, siendo la primera y más importante la sede ubicada en su Buga natal.