Posteriormente, estos vencieron en la batalla de Peralonso, y ya anteriormente habían tomado la ciudad de Cúcuta, con lo que se consolidaban como fuerza beligerante y ponían en peligro el gobierno central.

Estas últimas vieron cómo su comandante el general Manuel Casabianca quien previamente reemplazó a Villamizar, era nombrado Ministro de Guerra y lo reemplazaba el general Próspero Pinzón,[4]​ un hombre muy paciente y metódico a la vez que un católico devoto que logró implantar en sus tropas la idea de luchar una Guerra Santa.

El terreno era muy incómodo para la defensa liberal y Vargas Santos permaneció en Rionegro, de donde nunca salió a inspeccionar las líneas y reconsiderar la idea de batallar, por considerar el terreno muy desfavorable.

El día 13, los alzados se prepararon para flanquear al enemigo, rodearlo y aislarlo de las tropas en Bucaramanga, pero se produjo la llegada de un batallón nacionalista que lanzó de inmediato un asalto a Palonegro, el cual finalmente fue rechazado por una carga encabezada por Uribe que los hizo huir a sus posiciones.

Finalmente, las fuerzas del gobierno se retiraron a la retaguardia durante la noche.

Pinzón se creyó completamente vencido, pero, debido a su fe religiosa, decidió permanecer en su posición y ordenó que no retrocediesen más.

Tras los hechos del día 14, Vargas Santos fue consciente de que la batalla estaba perdida, pero, como le era característico, no llevó a cabo ninguna acción.

Esta batalla aseguró el gobierno conservador, pero no derrotó definitivamente a los liberales.