Sin embargo, debido a que las fuerzas rebeldes no se habían consolidado en un comando unificado, las pérdidas en la batalla del río Magdalena no impidieron seriamente los avances rebeldes en otras partes de Santander.

Rafael Uribe Uribe llegó poco después, después de haberse reunido con Gabriel Vargas Santos para convencer a Vargas de que asumiera el mando supremo del esfuerzo bélico liberal.

Tovar ocupó su cargo hasta el 11 de noviembre, cuando se retiró para reforzar la guarnición sitiada en Bucaramanga.

La posesión de Cúcuta y Bucaramanga otorgaría a los rebeldes un control significativo sobre el norte de Santander y les permitiría vincularse con elementos simpatizantes en Venezuela, bajo el presidente liberal Cipriano Castro.

Esta maniobra, una vez descubierta por los liberales, fue malinterpretada como una indicación de debilidad gubernamental.

Creían que los conservadores se retirarían de Bucaramanga como lo habían hecho en Piedecuesta.

La guarnición esperaba resistir el tiempo suficiente para que llegaran desde Chiquinquirá las Divisiones I y II al mando de Isaías Luján.

Soler les ordenó continuar con las bayonetas, pero este segundo ataque fue repelido por los nacionalistas y Soler evitó por poco caer en cautiverio enemigo después de que su caballo fuera disparado debajo de él.

[4]​ Los defensores nasionalistas, protegidos tras las murallas de la ciudad, atrincherados en obras defensivas y armados con fusiles Mauser y Grass[6]​, pudieron repeler el ataque liberal a Bucaramanga.

Aunque los Batallones Cúcuta y Chinácota al mando de González hostigaron con éxito a la fuerza en retirada de Uribe en su camino a Cúcuta, Villamizar les ordenó detenerse días después para unirse a las Divisiones I y II de Luján.