La naval resultó favorable al Perú, que bloqueó la costa del Pacífico de la Gran Colombia y ocupó Guayaquil, mientras que la terrestre resultó favorable a la Gran Colombia, en la cual el encuentro más relevante fue la batalla de Tarqui, aunque sin producirse la capitulación definitiva del Ejército Peruano.Después de poner fin al dominio español en el Perú, el Libertador Simón Bolívar se enfocó en unir a las Repúblicas Andinas en una gran Federación, pero su acción fue considerada inaceptable en Chile y Buenos Aires, donde despertó amargos celos.[10] Después de que Bolívar abandonara el Perú, se alzó en este país un sentimiento nacionalista, contrario al Libertador y a la Gran Colombia.Dentro de las principales causas se encuentran las siguientes: Existían también desacuerdos respecto a las cuestiones fronterizas entre ambos países.Otro asunto muy espinoso era el de los "reemplazos", es decir, la sustitución en tropas peruanas que debía hacer el Perú a las tropas grancolombianas por las bajas sufridas por estas durante la guerra independentista peruana, a pesar de que ya había finalizado dicha guerra.La nueva negativa del gobierno chileno a la pretensión peruana de ligarse al Perú en una guerra contra la Gran Colombia resultó, una vez más, en el fracaso del Tratado de Amistad y Comercio entre Chile y el Perú.Se llegó a la expulsión del cónsul grancolombiano Cristóbal Armero, acusado por el Perú de intervenir en asuntos políticos internos, y se organizaron actos indignantes contra Bolívar y el Mariscal Antonio José de Sucre.Todo esto condujo a que, en Bogotá, el gobierno grancolombiano no quisiera recibir al diplomático peruano José Villa, a quien se le extendieron sus pasaportes y se le envió de vuelta al Perú.Ya en Pasto, Bolívar fue detenido por el General grancolombiano José María Obando, por lo que no pudo llevar a cabo su plan.En los días siguientes el nuevo jefe la escuadra peruana Hipólito Bouchard despachó a Panamá dos barcos, la goleta Arequipeña y el bergantín Congreso al mando del teniente primero José Boterín con la finalidad de capturar a la goleta de guerra grancolombiana Tipuani, en el viaje fue apresada la goleta Francisca el 7 de abril de 1829, los buques peruanos arribaron a Panamá, donde sin encontrar resistencia capturaron a la goleta Jhon Cato que arribó presa al Callao el 7 de julio del mismo año la Tipuani sin embargo no fue encontrada.El día 10 de febrero, Raulet ocupó la ciudad, pero luego se retiró para unirse nuevamente al resto del ejército.El pueblo de Saraguro fue incendiado por su lugarteniente Luis Urdaneta, como represalia por haber mostrado simpatías hacia los peruanos.El resto de tropas llegó demasiado tarde y no pudo desplegarse por hallarse en un desfiladero.Al retirarse Nieto con sus Húsares, se encontró que el Ejército de Sucre ocupaba la ladera por donde debía pasar.Nieto, que marchaba a la cabeza de los Húsares, se quitó el sombrero, saludándole.[34] El Capitán peruano Mateo Morán, herido y postrado en tierra, continuó dando órdenes a su compañía hasta que rindió la vida.Sucre ordenó la construcción de una columna conmemorativa en el sitio donde ocurrió la batalla, con la siguiente inscripción:Enfatizó que todo el Ejército peruano no había reunido más de cuatro mil quinientos hombres y que al mencionar su número elevándolo a ocho mil, Sucre había cometido una equivocación voluntaria.A medida que escaseaban los recursos, las tensiones aumentaban y se endurecía el trato hacia los habitantes.La campaña, sin embargo, tomaría un giro imprevisto por la caída del gobierno de La Mar en Lima.La historiografía peruana atribuye estos a las siguientes razones: El caos generado debilitó el ya frágil gobierno de La Mar y creó las condiciones para que Gamarra y La Fuente le dieran un golpe de Estado.Cabe notar que la Comisión demarcadora tenía previsto trazar la línea marcada por los ríos Tumbes, Catamayo, Macará, Huancamba y Marañón.La deuda que el Perú aún tenía pendiente con los Estados que conformaban la Gran Colombia (Ecuador, Nueva Granada —actuales Colombia y Panamá— y Venezuela) por los gastos incurridos durante la guerra de emancipación no se terminaría de liquidar por completo sino hasta el gobierno de José Rufino Echenique (1851-1855).
