Bajo la bandera chilena actuó como corsario al mando de la corbeta Rosa de los Andes con la que hostilizó las costas que van desde el Perú hasta Panamá, y también realizó una exitosa campaña sobre el litoral del Pacífico de Colombia al liberar sus poblados del dominio realista, lo que permitió acelerar el avance del ejército patriota sobre Quito y Pasto.

En 1809 el buque en que servía tuvo que llevar a su bordo al general Arthur Wellesley, futuro Duque de Wellington, hacia Lisboa para hacer frente a las tropas francesas en la guerra peninsular.

Finalmente zarpó hacia Chile bajo bandera inglesa, recalando en Valparaíso el 28 de noviembre.

Fue igualmente contratado por el gobierno chileno para servir en la Armada, pero debido a desacuerdos que tuvo con Cochrane no fue integrado en la escuadra naval.

Se decidió utilizar este buque en operaciones corsarias para hostilizar a los realistas en distintos puntos del Pacífico.

El 4 de mayo hizo su primera presa que fue la fragata mercante española Vascongada, llamada también Los Tres Hermanos.

Después de un combate que duró nueve horas, ambas embarcaciones se separaron sin haber un claro vencedor.

Con estas acciones quedaban libres del dominio realista toda la costa de Popayán y el valle del Cauca, y se procedía al nombramiento de nuevas autoridades que fueran afectas a la causa patriota.

Completada su campaña en esas costas hostilizó por un tiempo el comercio marítimo realista en la zona haciendo varias presas, y luego se dirigió hacia la provincia del Chocó, donde entabló relaciones con el coronel José María Cancina que gobernaba ese lugar.

Con esta ventajosa comunicación Santander logró obtener apoyo militar de Chile para realizar posteriores operaciones sobre Quito y Pasto que serían decisivas.

Llegó hasta las costas caribeñas sin encontrar a nadie y se devolvió por la misma ruta al Pacífico.

Esta división estaba formada por la fragata de guerra Prueba, de 40 a 52 cañones, y que tenía embarcada para esta misión una o dos compañías del famoso y veterano batallón Numancia al mando del oficial Blas Cerdeña.

El combate se prolongó por cerca de tres horas pero sin establecerse un vencedor.

Con Illinworth gravemente herido, el Capitán Desereines, su segundo al mando, llevó la Rosa de los Andes adentándose en el Iscuandé para repararla y atender a sus heridos, mientras que Antonio Vacaro no pudo adentrar la fragata española en la boca del río debido a su escaso fondo y permanece vigilando allí mismo, hasta el 21 de mayo, fecha en la que pone rumbo al sur.

John Illinworth, afirma que pudo reparar su buque para salir a mar abierto para hostilizar el comercio.

En abril llegaron a Guayaquil refuerzos al mando del general Antonio José de Sucre, que abrió la campaña contra los realistas de Quito que eran liderados por el general Melchor Aymerich.

Una vez emancipado el territorio del actual Ecuador e incorporado a la Gran Colombia, es nombrado jefe civil y militar del departamento de Guayaquil, y poco después es hecho intendente de la misma zona.

De esta escuela se forjaron personalidades que más tarde sobresalieron en la vida republicana.

Esto se debía a que el comandante de la escuadra naval combinada de la Gran Colombia y el Perú, contraalmirante inglés Martín Guise, había sido encarcelado por Castillo cuando este arribó con la flota a este puerto, al haber levantado el bloqueo del Callao.

Aprovechando esta situación hizo montar un cañón y ordenó abrir fuego sobre el insignia peruano que no podía contestar por el estado en que quedó al encallar, y los demás buques peruanos no pudieron acudir en su auxilio por ser contraria la corriente.

Devuelto el orden de cosas en Guayaquil regresó al lugar siendo sometido voluntariamente a un consejo de guerra por su actuación en la defensa del puerto, siendo defendido por el jurisconsulto Francisco Aguirre Abad.

Pero con la muerte del Libertador, ocurrida en diciembre, la revolución fracasó y fue desterrado al Perú junto con su familia.

A causa de la guerra que en ese año estalló entre la Confederación y Chile, Santa Cruz le ofreció el mando de su escuadra naval con honores y sueldos pero se rehusó a ese cargo ya que no deseaba agraviar al país que había servido entre los años 1819 y 1821, pese a su delicada situación económica.

En ese mismo año el gobierno encabezado por Rocafuerte le concedió un salvoconducto que le permitió regresar al país, a raíz de lo cual gestionó y obtuvo la devolución de su hacienda.

Por esos años se mantuvo alejado de toda actividad política o militar en el país.

En 1846 fue elegido diputado por Guayaquil y reclamó al Congreso el pago de los daños sufridos en 1830 cuando las tropas del gobierno ocuparon su hacienda.

Los contrarios, partidarios del general Elizalde, se levantaron en armas y para evitar inútiles derramamientos de sangre celebraron varias reuniones en la hacienda "La Florida" a las que concurrió como delegado de Elizalde en 1851.

Poco después se suscribió el convenio que puso fin a dicha crisis.

Fue nuevamente diputado por Guayaquil en 1852, aunque su salud estaba resentida y sufría por falta de vista.

Al mismo tiempo inició un proceso contra el obispo Aguirre, ante el delegado apostólico en Lima, para probar que su marido era católico, lo que fue justamente efectivo al momento previo a contraer matrimonio canónico.