Durante la reconquista de la Nueva Granada, el presidente Camilo Torres renunció en noviembre y asume José Fernández Madrid en marzo 14 del año siguiente.

Ante los ofrecimientos de la familia, El pacificador Morillo decide eximir la pena decretada y exige hacerla cumplir con dinero.

En una carta afirmó ''Me conformo con el dictamen del consejo, pagando los mil pesos, pero sin plazo, pues las necesidades del ejército no lo permiten—Morillo''[5]​ El 22 de julio la familia Vergara tuvo que pagar gran cantidad de dinero por su libertad, dejando a varios miembros de la familia en la ruina y endeudados con las arcas reales.

Ejerció junto a Tomás Tenorio, José María Hinestrosa, Pedro San Miguel, Juan Manuel García del Castillo y otros.

Fueron nombrados cuantro generales, dos coroneles y un civil, Vergara, como Intendentes.

En el nuevo gobierno pasaba a conformar el consejo de estado en la cartera de relaciones exteriores y como tal actuó como presidente en ejercicio en varias ocasiones.

a la mañana siguiente el 26 de septiembre, El Libertador convoca al Consejo de Estado para determinar el castigo a los responsables de la cual sale un acta que muestra como Bolívar asume abiertamente la dictadura.

El 7 de noviembre el general Urdaneta y el auditor Tomás Barriga Brito sentencian a muerte a Santander y otros seis supuestos conspiradores por saber de la conspiración, aprobarla, aportar en ella con consejos y demás..

Este hecho ha sido desméritado pero le salvó la vida a Santander, por otro lado, Urdaneta no ocultó su desagrado ante la conmutación de la pena.

El acta o dictamen del consejo fue escrito por Estanislao, como sostienen varios historiadores.

Como ministro de relaciones exteriores de la Gran Colombia y miembro del consejo de ministros intenta conciliar con el canciller peruano y le manda una carta donde afirma que el Perú intenta invadir territorio colombiano y bloquear sus puertos, que el gobierno de Colombia se siente compelido a entrar en guerra y armarse a pesar de evitarlo.

Llegó a tomar decisiones en todos los departamentos por decretos de Bolívar y Santander.

Se recuerda que Estanislao, desde Bogotá, escribía los documentos y Bolívar se los firmaba, la correspondencia entre los dos es bien conocida, llegando a recibir las últimas cartas del Libertador.

A este último, le manifestó la preferencia del Consejo de ministros porque el país fuera reinado por un monarca francés, lo que hizo que las gestiones con Gran Bretaña se frustraran al manifestar ese reino que no aprobaría la presencia de un monarca de ese origen en Colombia, no obstante de creer que ese era el mejor sistema de gobierno para el país.

Estanislao Vergara era partidario de la monarquía en Colombia ya que, para ese momento, todas las repúblicas americanas habían fallado y los nobles franceses lo sabían.

En febrero de 1830, el conde abandonó la Nueva Granada; cuatro meses y medio antes, ya se había ido el hijo del Mariscal napoleónico Lannes, Louis Napoléon Auguste Lannes duque de Montebello con otras instrucciones: Las del sí a la monarquía por parte del Consejo de Ministros.

Lamentablemente, la oferta no evitó lo previsto, pues Bello había sido contratado ya por el gobierno chileno para que lo asesorara.

[20]​ Con el regreso de Bolívar a Bogotá, Vergara fue nombrado como miembro de la Academia Nacional de la Nueva Granada por Santander y renunció a la Secretaría en la que fue reemplazado por el general Domingo Caycedo, para aspirar al Congreso que estaba próximo a ser elegido, del cual participó como diputado por Bogotá y firmó la Constitución de abril de 1830 Fue nombrado secretario del Interior del general Santander.

Entre 1852 y 1853 redactó el periódico La Bagatela, semanario de ciencias y letras , que dio preferencia a los estudios históricos y donde tradujo diferentes obras escritas en latín, francés, inglés, alemán e italiano todos estos idiomas que él hablaba, además se dan allí importantes noticias de muchos hombres de la generación de la independencia.

Estanislao Vergara contrajo matrimonio por primera vez con Teresa Tenorio Santa Cruz en 1819 cuando tenía 29 años.

El abuelo del fundador de esta familia que terminó en las Américas fue barón por ejecutoria en 1515.