[2]​ En 1801 se unió a la Sociedad Patriótica; un grupo conformado por las familias más ricas del nuevo reino creado para promover el bienestar de sus ciudadanos, desde aquí Luis comenzó a participar en los esfuerzos de la Independencia.

Acompañó al general José Ramón Leiva como jefe militar junto a Lorenzo Ley y Justo Castro.

[4]​ Ayala también fue contador principal del tribunal superior de cuentas.

Su familia se dividió entre realistas y patriotas, su hermano José era uno de los principales oficiales que se habían levantado contra Nariño.

Fueron sus primos Felipe de Vergara Azcárate y Caycedo, el presidente Estanislao Vergara Azcarate y Sanz de Santamaría y fue tío del presidente José Gregorio Ignacio Gutiérrez Vergara.