En 1810, la Suprema Junta lo nombra rector y es el primer “sujeto secular” en ocupar tal cargo (1811-12).

Defendió los bienes del virrey Antonio José Amar y Borbón ya que decía que Felipe era uno de los amigos más fieles y cercanos al virrey en el Nuevo Reino de Granada, por esto lo defendió como abogado contra los reclamos de Antonio Nariño que se quejaba ya que las autoridades españolas le habían confiscado todos sus bienes y pedia que le fueran restituidos con bienes del virrey.

Nariño lo eligió posteriormente, junto a otros cuatro hombres, para asesorarle en el nuevo gobierno.

Otros miembros de la junta eran los ciudadanos José Ignacio Sanmiguel y José María Arrubla Martínez, Juan Dionisio Gamba y Manuel Camacho Quesada.

Finalmente en 1814 Manuel de Bernardo Álvarez lo nombró para formar el senado de la República junto a Francisco González Manrique y José María Domínguez.

En 1816, durante la reconquista de la Nueva Granada es perseguido por el ejército realista y encarcelado injustamente, posteriormente atendió el llamado para participar en el consejo de purificación ante el cual debían presentarse los que estaban comprometidos en la revolución pero no habían cometido delitos de sangre, en este consejo le fue perdonada la vida.

Durante esos días de terror Felipe pasó por muchas tragedias, su familia se dividió entre el bando realista y patriota, unos fueron asesinados y otros tuvieron que huir.

Otros sobrino, Tadeo Vergara fue asesinado por súbditos del rey Fernando VII en el casanare y Pantaleon Vergara fue exiliado del reino muriendo en el exterior.